率领黑旗军配合越南政府军和曾经的吴亚忠部农民军战友黄崇英部“黄旗军”攻战，在初步获得胜利后。越南政府就决心驱逐刘永福部，并且邀广西提督冯子材会剿。闻此讯后极度恐慌的刘永福马上向越南政府哭求输诚，表示愿意一心一意的帮助越南政府彻底干掉曾经在吴亚忠部的战友黄崇英，只求千万不要驱逐他。终于借此得以在靠近中国边界的保胜地区站稳脚跟，在繁忙的红河水道上设了收税关卡，除了越南政府按年发放的“基本工资”外每年可以收取八万两白银的买路钱，黑旗军上下欢喜不已，因为如今能靠山吃山、靠水吃水，终于不用再过之前那居无定所、食不果腹的生活了。
后世的许多人一直在指责清朝政府对待黑旗军的态度是“炮灰般的利用”。不过，这并不是没有原因的。看了刘永福那“墙头草”一般的个人履历，是个人都会对他的“忠诚度”打上一个问号：都说“三姓家奴”绝对是可恶的，古有三国时的吕布，南北朝时期的侯景，大清开国之初亦有吴三桂、耿精忠、尚可喜父子、李成栋等，不过论起换主子的频率，恐怕这些人在刘永福面前还不过是“小巫见大巫”。刘永福何止是“三姓”，数得上号的农民军就投了五家，还没算上越南政府和大清国。就算是生活所迫，但是仅仅为了个人的身家性命而随便玩“走马灯”的话，这种行为别说是放在礼教第一、道德至上的大清国了，在忠诚度被奉若神明的年代，墙头草是最受鄙视的，无论官与贼都是如此，而刘永福在大清国的官吏甚至百姓的眼中，缺乏的恰恰就是忠诚。
在陆续收容来自大清国的流民、盗匪、通缉犯、逃兵以及被清朝正规军打散的天地会、太平军残部后。刘永福将这些散兵游勇组织起来，结合当地农民，（这是地地道道的“发动群众”）编练了一支组织严密、农战结合、训练（依照匪寇的标准）尚好的军队，并且沿用了他在吴亚忠部时制定的黑色七星战旗，时人称之为“黑旗军”。
黑旗军的常备兵力通常维持在两千人左右，最多兵力不超过三千，但却迅速成为了越南北部重要的割据力量。
之所以能够如此，是因为黑旗军相对于越南政府军和当地的其他华人武装，其综合素质相对较高（但也决不会在清军精锐团练湘军、淮军甚至是绿营练军之上，否则。果真训练有素的黑旗军精锐早和潜伏在广西境内的反清势力里外呼应，东山再起了）。并且虽然装备了“雷明顿”单发步枪以及部分缴获自法国人的越南仆从军的“格拉斯”单发步枪，甚至还有少量从香港走私而来的毛瑟71步枪。黑旗军的步枪同等单位的齐射火力甚至超过了统一装备单发“格拉斯”步枪的法国正规军，但是战时弹药难以保证。又因黑旗军属于农战结合、半农半兵的团练性质武装，其素质在同等的武装中属于翘楚，但比起一流的职业军队来，差距依然是巨大的。而且部队从军官到士兵的文化水平低下，基本上不具备和正规部队进行阵地战、攻坚战和野战的能力。
在云贵总督刘长佑建议之下，无力抵抗法国入侵、