为驻外领事的方案，以解决一时乏人“堪膺此选”的矛盾。后来陈善谦(小吕宋首任代摄领事)，张振勋(槟城副领事、新加坡总领事)，张煜南(槟城副领事)等当地华侨社会的侨领均成为一方领事。
丁日昌非常关注华侨在国外的命运。晚清时期，海外华侨达数百万之多，分布区域从南洋到南北美洲、非洲、澳洲，遍及全世界。当时的中国“华民之寓居外洋：往往以势孤气馁，为他国之人所轻侮”，急切地盼望清朝能够派员加以保护。清政府对侨民不仅不关心，且加意防范。丁日昌破除陈规，直抒护侨的思想。他在1867年答复总理衙门关于遣使问题时就建议清政府“设立市舶司赴各国有华人处管理华人”，对海外华侨加以保护和联络。第一次明确提出了在海外设立类似西方领事馆的机构来管理华人。丁日昌由遣使引出的设立领事馆的建议并没有马上为朝廷所采纳。直到1877年，丁日昌与在伦敦公使任上的郭嵩焘遥相呼应，才终于力促清廷在新加坡设立了中国第一个驻外领事馆，使中国政府按照十九世纪的国际惯例行事，在本国侨民众多的地方设立领事馆保护侨民利益。至清亡，清廷先后在20多个国家设立了45个领事馆。
光绪元年(1875年)，丁日昌任福州船政大臣。提议派遣铁甲舰远巡外洋宣慰侨胞，保护华侨，“中国洋面延袤最宽，目前大小铁甲船极少须十号，将来自能创造极少须三十号，方敷防守海口以及游历五大洲保护中国人。”第一次到南洋巡历的中国海军军舰是福建船政厂的“扬威号”战舰。1876年底到达新加坡，激起华人社会的热烈反应。1876年以来，清朝北洋舰队先后5次访问南洋华埠，祖国军舰所到之处引起华侨社会的轰动，“海隅百姓，得瞻宗国旌旗，无不欣欣然。额首欢呼，欢声雷动。”
清朝第一次认真从事对华侨的外交保护始于对古巴、秘鲁华工事件的交涉。古巴、秘鲁华侨不断禀告清朝，陈述受虐惨状。1874年，清朝总理各国事务衙门派出陈兰彬、容闳等人往古巴、秘鲁调查华工受虐情事，搜集各种证词、禀诉，再与秘鲁、西班牙政府交涉。在选派交涉代表人选的问题上，李鸿章上奏“丁日昌……熟悉洋务，操纵悉合机宜”且“素为洋人敬服”。极力推荐丁日昌为换约代表。丁日昌于光绪元年七月初七（1875年8月7日）与秘国代表爱勒莫尔进行交涉，丁日昌照会秘鲁政府，“妥将以前苛待华工弊端，尽行革除，遵照专条及和约办理。严令将华工身家资产，皆得保护，以昭信守。”秘鲁复照说：“查华民在于本国佣工者。本国志在实力保护，不容稍受委曲情事……以期为华工尽除一切弊端，使其皆得安居。”其后，清政府与古巴签订了《古巴华工条款》。与秘鲁政府签订《中秘会议专条》，《中秘通商条约》，在这些条约中，都有专门保护华工的条款，此后古巴、秘鲁的华侨状况有了很大的改善。
在处理古巴事件的过程中，丁日昌对海外侨民的艰苦处境有了更深的了解，他在任福建巡抚期间，上奏“闽、粤两省