由于同光年间，腐败势力盘根错节，各级官吏贪赃枉法，加之外患频繁，情况尤为严重。张佩纶目睹清政府的腐败和列强的蚕食，忧心忡忡，感慨良多，曾言：“十年以来外侮纷起，无岁无之，自今以往其有极乎？”“而上下苟安因循，风气颓靡，已复尽道光季年之习，其流极或且过之。”张佩纶可以说是继承了历史上“谏臣”的传统。
和那些“卖直买名”的清流言官不同，张佩纶是真正站在儒家正统立场上，为百姓仗义执言，为国家富强殚精竭虑。远的不说，就在今年。四川东乡县署知县孙定扬议派加捐，每征银一两。加收五百文，引起抗粮风潮。孙定扬诬告乡民叛逆造反，请派军队洗剿。提督李有恒竟当真派兵前往镇压，杀害寨民500人，酿成特大血案。此案发生后，张佩纶等人多次上书，参劾李有恒妄杀无辜，终使该案经反复核查得以平反。孙定扬、李有恒被刑部议定斩监侯，500位冤魂得以安息。
张佩纶的出发点是为了大清的江山社稷，虽然受见识学问的影响，其恤民主张也多流于空谈，但他承袭了儒家的民本思想，以“经世济用”为本任，和黄体芳宝廷之流有着本质的不同。是以今日会有这样翻脸的事情发生。
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面对朝廷的限期复奏，不得推诿搪塞的严令。平日里习惯捣糨糊的督抚纷纷在规定期限内就中枢给出的“命题作文”交出了自己的“答卷”。其中最著名的要数作为恭亲王和丁日昌的政治盟友的直隶总督李鸿章所上了洋洋万言的《筹议海防折》。
折中写道：“历代备边，多在西北。其强弱之势，客主之形，皆适相埒，且犹有中外界限。今则东南海疆万余里。各国通商传教，来往自如，麇集京师及各省腹地，阳托和好之名，阴怀吞噬之计。一国生事，万国构煽。实为数千年未有之变局！轮船电报之速，瞬息千里；军器机事之精，工力百倍。炮弹所到，无坚不摧；水陆关隘，不足限制，又实为数千年来未有之强敌！……居今日而欲整顿海防，舍变法与用人，别无下手之方。”
与此同时，相关各省督抚将军的回折也陆续送抵北京，总共54件之多。集思广益的结果就是众口难调、五花八门。这些回奏虽看似繁杂，但是具体分析梳理下来依旧可以分为三大流派。其中李鸿章、文彬、杨昌濬、王凯泰、刘坤一、沈葆桢等对丁日昌“三洋水师”的构想表示支持，只是对如何划分三洋有所侧重，李瀚章、李鹤年则认为三洋太麻烦，不如在南北洋分设外海水师；有些督抚（以王文韶、英瀚、裕禄等人为代表）则因为自己的技术知识实在匮乏，又不能敷衍了事，因此选择了油滑的中庸之路：既对海防建设的重要性和必要性表示认同，但在操作层面以阿思本舰队事件教训为理由主张谨慎，看似不偏不倚实则不明就里、不知所以；最后一派以丁宝桢和李宗羲为代表反对丁日昌的三洋水师构想，也反对取消旧式水师编制，丁宝桢坚持认为应固守海岸