只内容不同，而且价值取向相异。竹书纪年描述了从夏朝到战国时期历代所发生的血腥政变和军事冲突，根据《史记》所记载，商朝太甲被伊尹囚禁3年后，伊尹见太甲改过自新，便郑重的将国家交给他。太甲复位后，沉痛接受教训，成为了一个勤政爱民、励精图治的圣君。不过，《竹书纪年》对此却有不同的描述：伊尹放逐太甲后，自立为王，7年后，太甲潜回杀掉篡位的伊尹，并改立伊尹的儿子伊陟和伊奋继承伊家。
造成这个情况的原因也有很多，第一方面是孔老二一直以来就不断为人垢弊的事情，改史或者说编造史书。
当然，从根本上来说，孔子在写《春秋》的时候，删去了自己认为消极的记载，想以此促进社会积极发展。
站在孔子的角度，要宣扬礼仪仁义，自然要写积极意义的东西，促进人们对于礼仪道德的追求。
所以相较于孔子所说，上古圣皇道德高尚，乃是他认为的圣人。自然是遵从禅让制度，挑选贤能道德贤人禅位。
然而事实上以禅让为例来说。禅让在儒家伦理道德治国体系中的作用十分重要，它是以礼以仁治国的典范，而实际上《竹书纪年》记载却是：“昔尧德衰，为舜所囚”，还说“后稷放帝朱于丹水”后稷就是弃，周人始祖，舜的亲信，显然是舜监禁了尧，流放了尧的儿子才登上王位的，哪里有什么禅让？《韩非子·说疑》一言以蔽之：“舜逼尧，禹逼舜，汤放桀，武王伐纣，此四王者，人臣弑其君者也。”
此外，很多的文臣猛将就像前面说的伊尹，或者说“夏启杀伯益”、“太甲杀伊尹”、“文丁杀季历”、“共伯和干王位”等事件，都是属于不利于儒家礼仪，道德发展的内容，所以被他修改成那种模样。
竹书纪年的诸多记载颇为特异，与传统的正史记载不同。五帝纪，关于舜的记载，就跟史记等正史所载的有德之君舜的形象大为不同。引述如下：
昔尧德衰，为舜所囚也。
舜囚尧于平阳，取之帝位。
舜放尧于平阳。
舜囚尧，复偃塞丹朱，使不与父相见也。
…………
夏纪所载则是系统前面介绍过的情况，与《史记》只是记载“太康失国”不同，还记录了羿的事情。让羿代太康，成为夏王朝统治者的这些旧事得以重见天日。
殷商最大的不同自然是在于伊尹的那一段了。
周纪最与《史记》不同的就是共和行政的记载。按照史记等正史所载，共和行政就是周厉王被国人赶走之后，周公、召公二相共同执政。而周纪则说是共伯和行天子之政，即共国的伯，名和者，摄行君位。这似乎更合乎“共和行政”的说法。
另外，还有完整的穆天子史事，以及记载了周幽王死后，两王并立的史事。乃至是穆天子北征犬戎，西征昆仑丘，见西王母都是有记载的。由此可见，《穆天子》