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其二为在对外贸易的管理衙门，市舶司内建立的牙行机构，主要负责衙门与本土商人及外商间的交流事宜。
其三为民间私牙，必须交税后得到牙帖（营业执照），有效期为一年。
起初，朱元璋禁止民间牙行，但因为造成商贸流通阻塞等多重问题，之后解除了相关禁令。
历史上的明朝中后期，随着农业兴盛，各种经济作物、运输业逐渐发达起来，工商业税开始增长。万历中后期，商业税就成了大明朝廷的主要税种之一。
但可惜的是，由于官商勾结，朝廷无法从大商人手中收到税，导致大部分税收流失，只能去向中小商人下手，引发民怨沸腾也就在所难免了。
“当然，宋代税收一直重于本朝，不但赋税繁重，且种类较多。尽管宋廷赋税收入很高，但民间米价、布价等却也一直在上升。大多数百姓的生活，并没有因为宋廷富有而得到改善，尤其宋廷还对外承担巨额的战争赔款。”
“元季丧乱，版籍多亡，田赋无准。太祖皇帝开国之后，遣周铸等百六十四人，核浙西田亩，定其赋税。复命户部核实天下土田。而两浙富民畏避徭役，大率以田产寄他户，谓之铁脚诡寄。久之相习成风，乡里欺州县，州县政府，奸弊百出，谓之通天诡者。于是富者愈富，贫者愈贫。”
“太祖高皇帝厌恶商人，大明开国之后推行重农抑商之策，故而商人在本朝的地位较低。洪武年间，朝廷施行海禁之策，以至于本朝商人与海外通商不顺，商税大大减少。”
“当然，还有无孔不入的腐败，比如地方官员仗着天高皇帝远，贪墨赋税米麦，以及军中吃空饷，侵吞军屯子粒。”
朱高煦记得，历史上明朝末期，朝廷在军队薪资方面花费了两千万两白银，几乎占据当年收入的三分之二。
当时军饷名义上发给一百二十多万名士兵，但实际上真正的士兵总数还不到五十万人，其余七十多万人全都是虚报的名额。