重伤四百余人，轻伤五百余人，无伤的俘虏近一百人。
得知这个战果孙传庭大喜，当即命军医给那些伤兵治伤，然后让林士杰劝降这些士兵。
这些伤兵虽然跟随郑芝龙很久，不过现在毕竟有了正经出身，很多人并不愿跟郑芝龙造反，听闻官军劝降，毫不犹豫地便投降了。
有了投降的俘虏加入，孙传庭马上整顿舰队;
。把这些俘虏分配到各船担任水手，原来的水手解放出来以后担任战斗人员。
这样安排，对俘虏不放心是一方面，主要是这些人根本不会使用新式武器，不会使用武器，等于是没有战斗力。
孙传庭可不会干接舷战那样的战法，有便携炮和步枪这样的中程和近程武器，他也用不着跟敌军接舷战。
分配完降兵之后，剩下就等涨潮了，涨潮以后搁浅的船只被开到岸边，重新安装火炮。
不过当孙传庭跟林士杰提出把布防的重炮安装到船上的提议却被林士杰拒绝了。
林士杰的理由是，他虽然暂时归孙传庭统属，但却是孙猛的部属，征调他的武器没有孙猛的同意是不行的。
另外，澎湖距台湾只有八十里左右，驻台湾的荷兰军只需一个多时辰便可过来。一旦荷兰军攻岛，岛上没有重炮，根本无法防御。
（注：当时西方帆船的速度可达十节以上，而郑芝龙的船航速最高为七节。一节为一海里，一海里等于1。852公里，一小时十节，即十八公里多一点，澎湖距台湾最近的距离为四十公里，
按照十节的速度，只需两个多小时便可抵达。）
听林士杰据理力争，孙传庭自不会以官职强压，林士杰是孙猛的部下，而且孙猛栽培林士杰的意图十分明显，孙传庭现在需要孙猛配合他作战，自不愿因武器跟孙猛闹翻。
而且就算林士杰愿意把重炮给孙传庭，数量也不够。澎湖的重炮只有三十门，这还是孙猛见澎湖孤悬海外，特意多给了十门重炮。
这次俘虏了四艘中型船，每艘船有十个重炮炮位，岛上这三十门炮全部给他还差了十门炮。
另外，郑芝龙的火炮跟李景设计的火炮型号不一样，船上的炮位要安装新式火炮需要做出很大的改动才行，而在岛上只能临时安装，最终还得到船厂重新改动炮位。
在福建，能够改动炮位的船厂只有郑芝龙在老家石井乡建造的船厂。现在这个船厂已经被刘二愣的人控制起来，孙传庭需要到船厂改动炮位，完全没必要把澎湖的重炮带走。
新增了四艘中型舰船，孙传庭自然想尽快令新船投入战斗，把岛上的事务全部交给林士杰，又叮嘱了一番应该注意的事项，孙传庭当即率领船队返回福建。
澎湖距离福建近四百里，孙传庭的舰队全速航行要大半天才能到达。
当孙传庭的舰队赶到金门岛