将失去对陵卫的控制。
孝陵卫做为一个卫所，兵力原有5600人,然而正军历年消耗,至此时现存仅1800余名，从正军中选取2500名成立振武营绝无可能。
最终,南惊兵部尚书张时徹、户部尚书孙应奎做出妥协，从孝陵卫食量正军中选取500名、精壮余丁中选取2500名，顶补正军名数,专一食量差操。
该营以1000军士为一枝，共分三枝，“每枝添委把总一员、卫总二员管理，听于附近大教场内，不拘旧规，设法训练……遇有警即便分布把截，以遏侵犯，并不许奉祀内臣干预，亦......不许指以栽种为名，妄行掣取。”
与此同时，奉祀内官亦不愿轻易放弃对孝陵卫的控制，面对南惊兵部、都督府的挑战，他们也力图捍卫其管领卫军的合法性。嘉靖四十一年题准,孝陵卫正军500名,各专听神宫监差拨，其余丁1749名,仍行把总官统领，居常随营操练,有警专护陵寝，不许混同营兵一体调发。
后来，振武营士卒的薪俸先被缩减，继而发饷拖期，振武营士卒遂鼓噪哗变。
事情平定后，穆宗朱载垕即位，徐阶继续为首辅，议及振武营经常哗变，意欲解散，但是担心他们会占据孝陵闹事，于是花了若干年时间慢慢分化瓦解。当前的振武营正军数量已由3000名降至1200名。
由此也可见，大名鼎鼎的孝陵卫早就不行了。
至于神威营，要到崇祯九年才会设立。
到“流寇”犯江北，南都震动。时守陵太监陈贵、魏国公徐弘基各疏请设营护陵，名神威营。后经兵部议覆，设军3000名，“统以参将一员，南兵部年中甄别，止令勋监二臣冬季察阅一次”。
这就意味着，那时孝陵卫戍部队已达三支：孝陵卫、振武营、神威营。
其中振武营由武职统领，神威营由勋戚、守陵太监统领，而孝陵卫正军早已被瓜分殆尽，所剩无几。可以说，孝陵神宫监掌监与魏国公借时局动荡之机再次扩大了兵权。
崇祯十七年，京师沦陷，弘光帝在金陵建立南明小朝廷。或许为了加强兵备，于是合神威营、振武营为一营，名神武营。
接着，王铎提议裁撤神武营，恢复孝陵卫旧制，一切又回到原点。这也反映出自嘉靖以来，南京兵部官员与内臣就孝陵卫管领权的斗争，实未起到任何实际效......果。随着时间推移，孝陵戍卫体系不断膨胀，官兵疏于操练、徒耗月粮，仅成为奉祀官任意差遣的军伍杂役而已。
值得一提的是，当钱谦益、王铎等人开了金陵城门投鞑时，只有孝陵卫站了出来抵抗。
此时他们的指挥官是孝陵卫末代指挥使梅春。梅春两百多年前的先祖梅殷是明太祖朱元璋的女婿，朱元璋临终前嘱咐梅殷辅佐继承皇位的皇太孙建文帝朱允炆。
建文元年燕王朱棣起兵反叛，他的妹