寺很快就被上杉军攻落，寺中仅剩的五千余一向一揆众皆被上杉军所讨取，就连老弱妇孺都没有放过。
至此，三河一向一揆坚持了还不到一年就被上杉军以绝对优势的兵力讨平，三河一国里的一向宗寺院也尽数被破却，残余的一向一揆众也随本证寺空誓逃往伊势长岛的愿证寺。
三河一国宣告静谧，从此成为上杉家的领国。
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