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但由于江南一带从事海贸的商人太多，新港口也处于比较偏僻的地方，加上组织者的精心策划，所以很难找到目击证人，想要找到元凶无异于大海捞针。
正在朱由检沉思之时，随着殿门外太监的高声通禀，温体仁等人联袂来至乾清宫，朱由检随即吩咐一声，众人移至昭仁殿内，开始就此事进行会商。
“启奏圣上，臣等以为，此事绝非松江府所报称之民变，应是有人刻意为之。若真是如此，那此举已于谋反无异
臣等以为，圣上当即刻下旨遣刑部相关官吏南下侦办此案，并责令松江府予以全力配合，待找出幕后指使者后予以明正典刑，以此震慑其余别有用心者”
在众人落座之后，首辅温体仁率先起身施礼后上奏，给出了内阁对此事的判断和处置策略。
松江府的奏报经通政司后先递入内阁中，在阁臣们传阅过后才送入宫内。在这期间，众人已经就此事进行了简短的会商，并很快达成了一致。
“内阁此断与朕所思相符，松江府诸人未经详细查访便仓促给出民变之论，若非别有用心，那也是渎职之罪待此案最终水落石出之时，要追究相关官员责任
既是内阁已有方略，那便即刻照此施行吧朕已遣亲军北镇抚司南下侦办此案，不管是刑部还是亲军，在办案期间要通力合作，尽快将案件侦破，还伤亡者一个公道
青天白日、朗朗乾坤，竟有人胆敢公然谋划袭杀朝廷官员，其行为可谓是丧心病狂之极此举无非是妄图阻止开海之大计
朕会让某些人明白，此策事关国计民生，也事关皇明未来之百年大计，若有敢于螳臂当车者，杀无赦
此事事关重大，故须朝廷重臣前往督之朕意以卢卿为钦差，亲赴江南一地，全权负责与此案相关事宜”
虽然北镇抚司职权极大，可以逮治有关官员人等，但考虑到不能所有事都要经锦衣卫之手完成，那样的话，不光是朝臣们意见很大，久而久之，也会形成锦衣卫一家独大的局面，不利于依法治国的政策实施。所以朱由检考虑再三后，还是决定派遣重臣南下督阵，以防止锦衣卫滥用职权。
“启奏圣上，臣以为，侦办此案之同时，开海一事也须加快进行。臣建议加大港口码头建设力度，多多雇佣民壮，并从当地聘用熟悉港口建设之人才协助工部官吏，力争早日建成并投入使用”
在卢象升施礼接旨后，孙传庭起身施礼后提出了自己的见解。
“孙卿之议甚佳稍后回去后，内阁即刻就此事起草文书并发往相关府县，责令地方官府由当地挑选此方面人才，工部要挑选合适人手随同卢卿南下，早日投入到港口建设中去”
范景文施礼接旨后开口问道“启奏圣上，罹难者该当如何抚恤伤者当如何予以补偿臣以为最好厚恤之，以安天下官员之心”
“此番罹难者当与战场阵亡者抚恤相