葡萄牙社区是竭力想摆脱腓力二世的行政控制的。
因此在万历时期的澳门葡萄牙社区，就产生了一个“一人一票”的伪民主自治制度。
当时澳门的自治组织是以公选为基础的。
每一个在澳门出生且具有法律资格的自由市民都有选举权，来自其他葡属领地的自由民，只要在澳门结婚或者定居，也将获得选举权。
自嘉靖四十一年选出澳门行政首领之后，万历年又增设了一名葡人**官来执掌治安。
到了万历九年，西班牙和葡萄牙正式合并之后，澳门的葡萄牙人选举出了由行政长官、判事官、日本贸易舰队司令和市民代表组成的行政议会。
万历十一年又选举产生了两名法官、三名高级市政官、一名检察官和一名财政官，这些选举产生的官员组成了澳门的市政委员会。
尔后，明廷为了‘以夷制夷’，在澳门也委任“夷目”对广东地方政府负责，这一职务一般由澳门葡萄牙市政议会民政官担任，同样也是由澳门市民选举产生。
对明廷本身而言，葡萄牙人在澳门的选举自治制度无疑是利大于弊的。
因为在澳门的葡萄牙社区产生公选自治组织之前，在澳门的葡萄牙人是受驻印度果阿的葡印总督和负责中国、日本贸易的葡萄牙贸易船队司令官管辖的。
虽然这种管辖的实际执行情况不大理想，但从法理上来说，葡印总督是葡萄牙国王亲自授权的海外代理人，除了司法权以外，和葡萄牙国王具有同等行政资格。
而在澳门建立起自治组织之后，澳门葡萄牙人脱离腓力二世管制的愿望变得越发强烈。
历史上也的确如此，在万历二十三年时，基于澳门市政委员会的请愿，腓力二世正式批准澳门葡萄牙人享有全部自治权，使澳门在葡萄牙和西班牙的联邦之外，另外取得了自治城市的地位。
所以从利益角度来说，朱翊钧虽然皇帝，但也并不十分反对澳门葡萄牙人实行选举自治。
明廷在万历时期对澳门的控制还是相当强有力的，无论是司法还是税收，都没有因为葡萄牙人的自治而吃亏。
相反，就是因为明廷和广东当地政府允许了葡萄牙人在澳门的自治，使得澳门葡萄牙人在利益上和明朝政府达成了一致，甚至因此成为了明亡前除了朝鲜以外的最忠实的拥护者。
所以朱翊钧并不生气，只是轻描淡写地道，
“要不让洋人选举，他们就不交税金和地租，那样更划不来。”
李太后放下手中的零食，拿过侧旁的一方湖色熟罗手帕，轻轻地擦着手道，
“所以啊，你四弟有这些顾虑也是对的，倘或海贸的生意归了朝廷，那些在濠镜的洋人肯定不满。”
“他们要一不满，无论是直接在濠镜生乱，还是跑到广州去煽动那些靠海贸为生的百姓