司专门从各地招募、选拔兵员。
军训司则下辖三大营，依次为集训营、整训营、进修营。
集训营专门负责训练募兵司招募到的新兵。
整训营则专门负责对降兵及以前大明的旧兵进行整训。
进修营则是中低级将官进修、学习的地方。
士卒如果想要被提拔为低级将官，也会先到这里进修，或者是事后补充进修。
在郝光明、朱媺娖的设想中，进修营是军校的雏形，以后会从军训司独立出来，并由朱媺娖亲自担任校长。
这次大整编，合格且愿意继续当兵的兵员，都会送入整训营，进行整编和短期训练。
中低级将官（千总及以下将官）也会被送入进修营学习。
从游击这一级别开始，各个将领麾下的兵员及其将官都将由军务处调配。
另外，整编后的军队会禁止家丁的出现，但将领可以从军中拨选一定数量的劲卒为亲兵。
由此进一步杜绝兵为将有的情况。
最后，还会通过这次整编，正式在募营兵中划分出普通士兵的级别，从下往上依次分为辅兵、正兵、劲卒。
确定以上制度后，才进行军队的架构与整编。
根据《第二次军队整编纲要》的指导，监国府下辖军队将分为御林军、禁卫军、边防军、卫戍军、工屯军五大体系。
其中，御林军属于朱媺娖的亲军，是以护卫朱媺娖为宗旨，且直接受朱媺娖统帅。
该军暂定有四营，具体规划如下——
朱雀营，全由女兵组成，额定兵员五百。
骁骑营，由精骑组成，额定骑兵两千，辅兵两千。
虎贲营，由足够高壮的精兵组成，装备最精良的盔甲及冷兵器。额定正兵三千，辅兵三千。
神机营，由火枪兵与炮兵组成，正兵五千，辅兵五千。
值得一提的是，因为参与讨论军队整编的几人都看过后世的战争视频、影片，知道火枪兵是未来发展的趋势，因此不仅没对神机营的组建提出异议，反而都很支持。
以上，正兵一万零五百人，辅兵一万人，便是此次整编后的御林军满编配置。
禁卫军则是监国府（朝廷/中央）直属军队。
这一次将整编出三镇兵员。
此前朱媺娖及李岩等人在来四川路上通过第一次整编确立的营兵制度不变，依次为伍、什、队、哨、总、营。
镇则是此次设立的，比营高一级的编制。
此外，总、营两级编制的兵员配置也有所改变。
由每总由五哨缩减为四哨，其中正兵三哨、辅兵一哨，满编为1000人。
千总及其以下将官无亲兵配置。