将阿塔瓦尔帕的遗体抬到了圣弗朗西斯科教堂里。在那时，印加王换上了一套高贵华丽的衣服，身体平躺在棺木中，棺木四边摆放着许多的鲜花。他的表情虽显得有些痛苦，但还算安详。
当上午十点钟教堂钟声响起时，隆重的葬礼在维森特·德巴尔维德神甫的主持下正式开始。皮萨罗和所有的西班牙官兵都来参加了这次葬礼。仪式开始不久，正当西班牙官兵们怀着虔诚与伤感的心情听着主教为死者所致的悼词时，教堂外面突然响起了一片嚎啕的悲恸声，顿时将主教的声音压住。
还没等人们弄清楚到底是怎么回事，就见教堂大门被冲开了，一群印第安女人哭天嚎地地闯入教堂，来到停放着阿塔瓦尔帕尸体棺木的教堂走廊，围在棺木四周放声大哭。她们边哭边喊道，“这不是印加王的葬礼。我们要以印加大王式的葬礼陪送印加大王前往天国。”“我们要与印加大王同死，要同他一起去拜见他的太阳之父。”实际上，每当印加王仙世时，都会有许多的嫔妃和奴仆要随他而死，陪他殉葬，因为他们认为这样就可以在天国里又能跟他们的大王在一起了。
教堂葬礼一直被西班牙人认为是非常神圣和严肃的仪式，见被一群印加大王的妃子们闹成这样，都大为震惊和恼火。当即就有一些士兵站起来朝着那些女人们吼道，“这是基督圣地，不许胡闹。”“快快离开，不然，就把你们赶出去。”可是，那些女人一边继续放声哭着，一边向西班牙表示着愤怒与抗议。因为是他们杀害了她们的大王和夫君。
主教维森特·德巴尔维德神甫赶忙跑过来，对这群哭哭啼啼的女人们说，“阿塔瓦尔帕已经接受过基督洗礼，所以，他已经是一名基督教徒了，他必须以基督教徒的方式进行葬礼，而基督教徒的上帝是非常憎恶殉葬的行为。”说着，便让士兵们把她们给赶出了教堂。
但是，这些女人在被赶出教堂之后，仍有一些人当即就回到了住处上吊自尽了，追随着他们的君王一同去了太阳神的天堂。
阿塔瓦尔帕在临终前曾向执法者们提出要把他的遗体送往他土生土长的基多，同他的母系先祖葬在一起，但是，西班牙人并没有考虑他的这一遗愿，而是在举行完葬礼之后，立即把他的遗体送到了圣弗朗西斯科修道院旁的墓地，那里已经安葬着几位死于疾病的西班牙士兵。在那个用白石制作的十字架的旁边，早已挖好了一个墓坑，印加王的棺木被放在墓坑里。葬礼由德巴尔维德主持，皮萨罗和一些官兵也来到了墓地，在最后的祈祷时，皮萨罗一直低着头，并在士兵们开始向墓坑里填土时，忍不住地流出了眼泪。墓坑填满时，有人在他的墓地上立起了一块石碑，上面刻着：胡安·德阿塔瓦尔帕之墓。他的墓铭志为：曾为印加大王，终为基督信徒。
但是，在西班牙人离开卡哈马卡后，他的遗体还是被人秘密地挖了出来，迁到了基多，同他们的母亲埋葬在一起。后来，当西班牙人攻占基多后，为了从中得到财宝，西班牙人掘开了他的墓，然而，里面既没有