空旷的田野中，围城的印第安大军从城边一直延伸到山边，简直跟筑巢的蚂蚁一般，密密麻麻地聚集在田野的草地上和山边的坡地上，少说也有二十万之多。队伍中迎风招展的旗帜和将领们那用华丽的羽毛装饰的头饰随处可见。特别是那一阵阵攻城的呐喊声如同山呼海啸一般，那高高举起的长矛就同密集无边的竹林一般。
围攻库斯科城开始于1536年2月初，这次围城是令人难忘的，让印第安人和西班牙人各自显赫出最大的勇气，并使这两个种族处在印加帝国被征服以来所进行的前所未有的殊死之战。
西班牙人从未见到过如此让人生畏的浩大阵势，但是，他们别无选择，只能从中杀出一条血路冲进城里，与他们的主力军会合。此时，他们早就把那支尾随追赶的印第安部队不知甩到了那里去了，但眼前面对这么一支数十万人的围城大军，他们不知道会将如何。
胡安对士兵们说，“士兵们，我们必须冲进城里，否则，我们就会被这些印第安人所消灭。”说着，便对士兵们说，“愿上帝与我们同在，士兵们，冲啊！”“冲啊！”士兵们一边呼喊着，一边挥动着长剑与长矛，朝着印第安大军冲了过去。
然而，奇怪的是印第安人并没有与其迎战，而是很快地让出一条通道，让这些西班牙骑兵顺利地通过。也许他们是有意放这些西班牙人进城，好采用围困的方式把他们围在城里，然后制造粮荒，困死他们。
而此时，城里的西班牙士兵的处境也是非常险恶的，他们的人数不足二百人，另有一千来名印第安人的辅助部队。面对蜂拥而至的印第安军队，他们要想固守库斯科城是几乎不可能的。所以，在印第安人围困库斯科城的日日夜夜，西班牙人的每时每刻都是在极度的恐慌与紧张中度过的。
曼科料到西班牙人会来找他，所以，便在尤开河谷埋下了伏兵。本来，他是可以用绝对的优势兵力把胡安小队围而歼之的，可是，他还是有些忽视了西班牙人的战斗力，所以，只留下了五千士兵由自己和卡萃提率领，与胡安骑兵小队进行周旋并将其消灭在尤开河谷，却命令乌拉马哈率十万大军围攻库斯科城，命令昆祖率八万军队途经库斯科北上浩哈，再由浩哈转往利马，命令曼塔拉卡王公统兵四万大军从库斯科城郊南下攻占阿雷基帕城。同时，他还要求各路统领要尽快地攻下城市，以便抽兵向其他城市进行增援。争取用一到两个月的时间彻底消灭西班牙军队。
他的计划是周密的，但是，计划的实施却往往是出人所料的。首先，在围攻胡安骑兵小队的战斗中，非但没有将西班牙人围而歼之，而且让西班牙骑兵多次形成冲击机会，给他的士兵造成了很大的伤亡。本来，他还想把这股骑兵拖在这里，跟他们打持久战和消耗战，好彻底拖垮这股西班牙骑兵，可是，没想到这些西班牙人得到了情报撤回了库斯科城里。这让他的歼敌计划又落了个空。
为了亲自指挥攻占库斯科的战役，曼科在胡安小队撤离的第二天就来了库