成都之后，下令屠杀三日。随后，张献忠自立为皇帝，建立了“大西”政权。为了四川安定，张献忠推行科举制，减免三年租税。但问题来了，要是真的没有了税收，他领导的农民军吃什么？喝什么？考什么与李自成、南明和清军对抗？因此，杀戮仍不可避免地发生了。
大屠杀过后，张献忠就改为了小屠杀。四川早期的屠杀活动主要记载于明末清初的文人笔记之中，而后期的屠杀才被记载于《明史》。另外，当时从欧洲来华传教的西洋人“传教士”利类思和安文思也在四川一带活动，并亲眼目睹了张献忠的屠杀活动。待回国后，两位传教士将自己的所见所闻记载于《圣教入川记》中，而这本回忆录直到西元1917年才被翻译为中文。在《圣教入川记》中，两个“西洋传教士”以亲历者的身份记载了多起屠杀事件，从而填补了明末清初历史研究的空白，算得上是非常重要的史料，可敬！
张献忠建立大西后，小屠杀没有停止，但四川大规模的战乱和屠杀活动没有了，因此，四川也暂时安定了一段时间，甚至出现了“兵不甚扰民，民亦入营贸易”的局面。至于张献忠为何要进行小规模的屠杀活动？因为他曾经对外来的“西洋人”传教士说：“四川人民未知天命，为天所弃……今遣我为天子，剿灭此民，以惩其违天之罪。”也就是说，张献忠对四川人的反抗行为进行了报复。
由于张献忠长期以来在四川地区推行了屠杀政策，因此引起了四川百姓更大规模的反抗。当时，张献忠自己认命并派遣手下到四川各地上任为官，“有到任两三日即被杀者，甚至一县三四个月内连杀十余个县官者。虽重兵威之，亦不能止也”。于是，在1645年3月，当南明小朝廷发兵收复了重庆、川南后，四川各州又纷纷起事响应，导致张献忠的“大西政权”陷入了危机，不得不采取自保。
在这样的情况下，最好的“自保手段”就是杀人！张献忠不仅没有反思，还认为是四川人背叛了自己，他说“蜀人负朕，恨入骨髓”。此后，张献忠完全开启了杀戮模式。他以科考为名，将5000多士人骗到成都大慈寺集中屠杀，此事还记载于大西官员欧阳直的著作中。11月23日，张献忠下令将成都20万居民全部杀害。消息传出后，大西将领孙可望失望地说到“士民既杀，地方取之何用？”
西元1646年，清军占领了汉中，开始进军四川。张献忠决定再次实行流动作战，在离开成都前，他将自己所有的妃子屠杀，将皇宫焚毁。到了西元1646年九月，张献忠的大部队在岷江被南明截击，张献忠抢掠来的金银财宝基本全部沉没到了岷江江口，这也就是“江口沉银”的传说。根据《四川通志》记载：“献忠惧，尽屠境内民，沉金银于江中，大焚宫室，火连日不灭。”足见事态危急！
在撤退出四川之前，张献忠担心部队中的四川军会反叛，就下令“尽杀川兵，不留一卒。”有人反对，张献忠就大怒说“老子何用许多人？直须劲旅三千，自可横行天下！”结果，到西元1