接下来就是军纪的问题。从齐元敬任职伊始，军队纪律涣散就是一个很严重的问题。齐元敬多次想整肃军纪，奈何倭寇不时来犯，让他一直找不到合适的时机。如今，正好给了他一个最好的机会。
这天，齐元敬正在校场练兵，几个喝得醉醺醺的军官从外面摇摇晃晃地走了进来，衣冠不整、放浪形骸，其他将士见状，皆纷纷观望齐元敬打算如何处置。
齐元敬心道，等的就是这一天。当下环顾了一下众将士，正色道：“将士们，军人当死于边野，何须马革裹尸？如今倭寇四起，你们有些人不仅不思进取，反而多行不义，试问，你们当兵之日，虽刮风下雨、袖手高坐，朝廷少了你们一分军饷吗？这银分毫都是官府征派地方百姓办纳来的。你在家哪个不是种田百姓？你肯思量在家种田时办纳的苦楚艰难，即当思量今日军饷的来之不易。朝廷又不用你们耕田种地，用军饷养着你们，不过望你们上阵杀敌、保家卫国。你不肯杀贼保障朝廷，朝廷留你们何用？就算军法疏漏，上天也要借敌手杀了你！”
几句话，说得一些将士羞愧不已，那几名孟浪军官，也是瞬间酒醒了大半。
见自己的话起了作用，齐元敬又趁机颁布几条军令：
凡临阵退缩，许甲长割兵耳，队长割甲长耳，哨官哨长割队长耳，把总割哨官哨长耳。回兵，查无耳者，斩。若各故纵，明视退缩，不肯割耳者，罪坐不肯割耳之人，退缩之犯不究。
凡伏兵，遇贼不起及起早者，领伏兵队长通斩，各兵扣工食给恤，仍通捆打。如正兵见奇兵、伏兵已起，不即回应者，同例。
凡每甲，一人当先，八人不救，致令阵亡者，八人俱斩。阵亡一人，即斩获真贼一级，八人免罪；亡一得二，八人通赏。哨队照例。
凡当先者，一甲被围，二甲不救；一队被围，本哨各队不救；一哨被围，别哨不救，致令陷失者，俱军法斩其哨队甲长。
凡阵亡一人，本甲无贼级者，各扣工食一月，给亡者之家优恤，失队者扣一队，失哨长扣一哨，失官扣一枝。但系亡者属下头目仍斩获，功如其所失，通免究，亦不扣工食。亡兵亡官，官为给银优恤。
凡一人对敌先退，斩其甲长。若甲长不退而兵退，阵亡，甲长从厚优恤，馀兵斩首。若甲长退走，或各甲俱退走，斩其队长。若队长不退而甲下并兵退走，致队长阵亡者，厚恤其队长之家，本队兵各扣工食二个月，给亡队长家领用，队下甲长俱斩。若一哨下各队长兵俱退走者，斩其哨长。如哨长不走，致被阵亡，而队兵弃之退走者，斩其各队长，兵通罚工食二月，恤哨长之家。若一哨官之兵与哨官俱退走，斩其哨官。如哨官不走而哨长以下甲兵退走，斩其各哨长，通罚工食，给恤哨官之家。由是而上，至把总、领兵将领等官，皆照此一体连坐行之。凡所谓罚工食者，仍以军法捆打，不死，而又罚其工食，非止于罚工食而免也。
等等。