本着文武分治的原则，光复军军政府治下要分为内政处和军务处两部分。
内政处下辖：户籍，税务，建设，教育，外交，司法，工业，商业，农业宣传，发展规划等科室。
户籍科负责清查人口，田亩，确定户籍等工作。
税务科负责确定击落实税务征收的工作。
建设科专司建设事宜，包括道路，房屋，桥梁，棱堡，兵器工坊等，一切有关建设的事情，都由建设司来负责统筹调度。
教育科负责教育事宜设立学堂，考试，甚至以后的科举也会由教育科负责。
外交科负责对外交流等，也就是说，以前三省六部的礼部的权责，被分别划归了教育和外交两个科室。
司法科负责司法事，工业科负责统筹工业发展，商业科负责促进商业发展。
宣传科干的就是宣传，包括宣传光复军军政府的政策，宣传朱宏煜这个领袖的伟大，将来是要被当做朝廷喉舌，来同士林争夺话语权的。
发展规划也很好理解，负责统筹发展规划，将朱宏煜下达的发展任务落实。
外带一个负责考核官员功过，确定升迁免职的铨叙司。