强种之本者，非学堂也哉。”
他呼吁绍兴所属八县改变各自为政的做法，筹集绍兴八县公款，统一兴办学校。在府城设高级、中级学堂各一所，各县城均设一初级学堂，为本省和全国的教育改革树一模范。
但是，革新的路不会是平坦的。在中西学堂的校长任上，时间一长，蔡元培这位翰林校长就几乎快把旧派人士们全给惹恼了。
中西学堂里所聘用的教授西学的教员，如马用锡、杜亚泉、胡道南等人，由于受西方思想影响，常常会在课堂上向学生们灌输“民权”、“女权”等当时世界上的流行的思想和主张。对“君尊民卑”“男重女轻”等传统观念大加驳斥，有时甚至激烈地主张革新政治、改良社会。这样一些言行，很自然的引起校内另外一些传统守旧派教员的强烈不满，新旧思想的碰撞是不可避免的。
比如，每天午餐饭桌上，学堂的教员们聚在一起难免谈及社会风俗和当下的时政。这时，新派的教员就显得人多势众、气势嚣张，他们既冲动而又富于激情。相较之下，传统派的教员就显得势单力薄，拙于应对，每每在和新派教员的辩论中居于下风，在学生面前也就大失面子。
面对新派的嚣张气焰，守旧派的教员们很不甘心，他们认为这是由于蔡校长引进新课目、纵容新风气导致的结果。便跑去向校董徐树兰告状，寻求支持。
徐树兰虽然是个开通之人，但在总体上还是倾向传统派的。对学校的情况不能说完全不知情，也不能没有自己的看法，只是碍于蔡元培是自己请的，又那么努力的做事，而不便干涉。听了这些人的话，感觉到后果是很可怕。特别是戊戌变法的被取缔，造成的一种恐怖的气氛之下，不能不有所顾忌。
庚子年(1900)正月二十六日，他给蔡元培写信，要求蔡元培将当月二十一日清廷的一道有关“正人心”的“上谕”抄录，并挂到学堂的礼堂中。
这则“上谕”的内容，是清廷镇压“戊戌变法”后向同情变法的维新人士发出的一道警告，里面指斥同情与支持变法者为“援引匪人，心怀叵测”，警告士人们今后“自当以名教纲常为己任，以端学术而正人心”。徐树兰借这个举措来表明自己的立场，同时也是对蔡元培的警诫。
蔡元培和徐树兰有特殊情谊，对徐也是很尊重的，但每个人做事都有自己的底线，而底线是不能突破的。没有别的选择，蔡元培只能断然拒绝徐树兰信中的要求。
他在复徐树兰的信中毫不客气地指出，这个上谕“皆黎邙之鬼所为”，“岂有取顽固者之言而崇奉之之理”，他表示自己宁愿辞职，也不做违心之事，他甚至敢冒天下之大不违而直言道，“虽迫之以白刃而不从。盖元培所慕者，独谭嗣同耳”。
明知不能说服徐树兰，也不想让自己这个“忘年交”为难，蔡元培于写信的当日即离开绍兴，前往嵊县。这大概是蔡元培教育生涯中第一次辞职，后经他人从中调解一番，蔡元培不