论说、翻译日文稿件。
不久，张元济投资商务印书馆，并向该馆主办人夏瑞芳建议设立编译所，以拓展事业。
翌年，编译所成立，张元济推举蔡元培兼任所长，负责组织编写新式学校的各类教科书。
蔡元培积数年的办学经验，详细制定了编撰体例，并邀请蒋维乔等担任编撰，这便开始了蔡元培与商务印书馆长达几十年的合作。
在此期间，蔡元培编选的三卷本《文变》一书，由商务印书馆发行。
此书选入文章四十二篇，近人之作居多，内容涉及当时知识界普遍关心的社会、政治、文化、伦理等问题。诸如《中国士流改进策》、《论义和团与新旧两党之相关》、《清朝兴衰之关键》、《男女婚姻自由论》、《女子亟宜自立论》等等。所选少量古人作品，也“于新意无忤”。
尽管此书的用途是为科举改八股为策论后，取代昔日的古文选本，但编者的主旨是使“读者寻其义而知世界风云之所趋”。充分反映了蔡元培，在文化教育领域锐意求新的思想。
前边提到了，蔡元培续偶的五个条件，把络绎不绝的说媒者纷纷吓退，但终有好朋友关心蔡元培的再婚。
后来，有位姓林的朋友曾告诉蔡元培说。江西都昌的黄尔轩先生携眷寓居杭州，黄的次女便是天足，且擅长书画，嘱咐蔡元培不妨托人探寻一下。
事也凑巧。不久。蔡元培还是因办学之事，与友人童亦韩去临安。路经余杭，天色已晚。遂到童亦韩相识的该县厘局局长叶祖芗府上投宿。
叶祖芗对蔡元培慕名已久，热情款待。
饭后茶余，叶祖芗拿出自己收藏的字画。请来客观览。其中的一张直幅扇页，所画工笔仕女精巧细腻，落款的字迹也十分端秀，署款黄世振，引起蔡元培关注。
主人介绍说。这是他的同乡黄尔轩之女。自幼得父亲钟爱，不曾缠足，却自学绘画，技艺不俗，经常卖画以维持家用，尤其讲求孝道，称得上是贤能之女。
蔡元培闻听后想起林姓朋友的话，当即表示出了倾慕之意，请叶祖芗从中玉成。叶很痛快的答应了。说来更巧，黄尔轩之女黄女士也听说过，蔡元培那惊世骇俗的续偶的五个条件，内心也钦佩不已，只是无缘得见。不出一个月。蔡便与黄女士订婚。
1902年元旦，二人在杭州举行婚礼。这是个新旧参半、形式奇特的婚礼。一副绣着“孔子”两个大字的红色帐子，取代了浙江婚俗中，必须悬挂的福寿禄三星的画像。但新婚夫妇仍按旧习。行三拜九叩之礼。历来的闹洞房的惯例，变成了一场规模不大的演说会。杭州学界人士宋恕、汪希、孙翼中、陈介石、叶景范等前来祝贺，并发表了即席演说。
蔡元培在开场白中说；“夫妇之道,极正大，极重要，无可引以为羞涩。并无可援以为谐谑之理。而近世东南诸省，盛行闹房之俗，务以诡侧谑浪为宗，实不