蔡元培和教育部同事的心血，设计了和规定了新教育的体制和细则，从而构建了后来实行十年之久的“壬子癸丑学制”的基本内容
与会者们进行认真的讨论和修改，从而形成了中华民国新的教育宗旨：“注重道德教育，以实利教育、军国民教育辅之，更以美感教育完成其道德。”这基本就是蔡元培“五育主义”的翻版。
会议的最重要成果是《学校系统令》，因是农历壬子年颁布实行，史称《壬子学制》。
《壬子学制》规定：初等小学校学制4年，为义务教育，毕业后可入高等小学校或实业学校。高等小学校学制3年，毕业后可入中学校或师范学校、或实业学校。初小、高小均设补习班，学制2年。中学学制4年，毕业后可入大学或专门学校，或高等师范学校。师范学校本科4年，预科1年。高等师范学校本科3年，预科1年。实业学校分甲乙两类，各3年。专门学校本科3—4年，预科1年。大学本科3—4年，预科3年。
1913年是农历癸丑年，这年8月，教育部将《壬子学制》颁布一年来新颁布的法令、规程与《壬子学制》综合在一起综合，形成一个新的学制体系，称为《壬子癸丑学制》，颁布到全国各地教育机构施行。
《壬子癸丑学制》在纵向方面，明确地规定了学校教育的几个阶段，即分为三段四级。
初等教育阶段，以儿童身心发育、培养国民道德为基础，以生活所必需的知识技能的教授为宗旨，又分为两级：初等小学学制4年，为义务教育，儿童6岁入学，男女同校；高等小学3年，男女分校。
中等教育阶段一级，为中学校4年，以完成普通教育、塑造健全的国民为宗旨，并专门为女子设立女子中学校。
高等教育一级，大学以“教授高深学术，养成硕学宏材、应国家需要”为宗旨。大学分文、理、法、商、医、工、农七科。大学本科3—4年，预科3年，预科附设于大学，不得独立设置。大学为研究学术设大学院，不定年限。
《壬子癸丑学制》在横向方面，分为师范教育、实业教育两个系统。
与高等小学校平行的有乙种实业学校、实业初习学校及初习科。与中学校平行的有甲种实业学校、师范学校及补习科。与大学平行的有法政、医学、药学、农业、工业、商业、商船、美术、音乐、外国语等专门学校以及高等师范学校。
该学制为参照日本明治维新后新学制拟定，废除了教育上的两性差别和满清贵胄学堂。除高师外，允许开办私立学校。
尊孔读经，千百年来成为一种神圣和至高无上的东西，与封建专制制度扭结在一起，成为中国迈入近代门槛的惰性因素。经受了欧美现代文明洗礼的蔡元培，认为“尊孔与信仰自由相违背，虽然孔子和他的学说在学术上自有其价值，但后世将此演化成为儒教、孔教，定为一至尊，叫人顶礼膜拜，则极不合理。宗教信仰自由是人的三大自