多尔衮第二次莅临大同，听了战况汇报，也没拿出好办法，只好一面围困大同城，在城外挖沟掘壕防其突围；一面多写诱降信射入城中；一面分遣其他将领攻克大同周围州县，使其得不到外援。
经过半年多的围困，城中已经断粮，守城军兵每天只能一早一晚喝到两碗粥，马匹早就被宰杀殆尽，民众饿死者比比皆是。
到了八月底，姜镶手下千总杨振威坚持不住了，与手下六百余人秘密串联准备叛变。他们在自己防守处将准备投降的信射下城去，得到了阿济格的赞誉。于是杨振威率兵突袭总兵府，将姜家三兄弟全部杀死，将首级送出城去。而后打开城门，放进阿济格的大军。阿济格传达了多尔衮的命令，除杨振威的六百人及眷属外，其余军民全部杀死，其余州县被攻下者也惨遭杀戮，史称“大同屠城”。
随后，晋中、晋南乃至陕西、宁夏等地的起义也都被镇压下去。利用全国精兵都在晋省的机会，清兵对太行山中的各处山寨进行了大规模的“围剿”。“九龙口”、“葫芦谷”等数十处山寨俱遭劫难。
由于山西距离广西路途过于遥远，永历朝廷得到大同反正消息已经是来年仲春。经讨论多数人赞成派通联处去了解情况。丁宁于夏天带了“镇国公”、“镇绥侯”、“阳和伯”诏命及数份空白官诰和些银票前往大同，加封姜镶、姜让、姜瑄三弟兄，三品以下由丁宁和姜镶协商委任。丁宁让人把东西分别镶嵌在马鞍夹层中，与谢宝、郑宁穿了道袍，带了出家人的度牒，联袂出行。
由于清廷改封孔有德为定南王，让其带领眷属及吏部铸好的广西省级及道、府、州、县官衙的全部印信出发，许诺全省官员皆由其任命，广西可以由其家族世代镇守。并且，将洪承畴由江宁总督调任中南总督，经略湖广、两广、云、贵等省，总督军务兼理粮饷，给他们提供后勤保障。
孔有德抱着做“广西王”的雄心壮志，带领清兵一路南行。
此刻，还发生了一件震惊全国的“靖南王自杀事件”。前面提到过，满洲贵族为了剥削关内百姓，实行严厉的追索“逃人”制度，民众的土地被满洲贵族“跑马圈地”后，还需要在原来的土地上给满洲贵族劳动，一旦逃亡被捉，将被严刑拷打。而且，还要对“窝主”实行更加严厉直至处死的惩罚制度。
平南王尚可喜与靖南王耿忠明受命进攻广东，与孔有德一样，带了眷属及全省各级官吏的印信统兵南行。此刻，有人向朝廷检举，说耿忠明的部队中有“逃人”充军。朝廷闻报，有司便派人追赶该部进行核查。此刻，尚可喜与耿忠明部已经渡过了长江，正在江西境内行进。耿忠明得知自己部队里有“逃人”且将被有司处罚，吓得夜间在江西吉安自缢身亡。
身在大同的摄政王多尔衮得知此事，连忙下达诏令：国家正在用人之际，念耿忠明多年忠于王事，着减轻处罚，罚银了事。诏令送达耿部时，耿忠明已经自杀身亡。多尔衮让耿忠明的孙子耿精忠袭封，继续统带耿