吏推曹操为兖州牧。曹操随即击败青州h巾军，俘获兵士30多万，男女100多万口，将其中精锐组建为“青州兵”，力量大增。就在此时，日后成为曹操重要谋士的兖州治中从事毛玠，向曹操提出在群雄纷争之际自存并求发展的重要策略：“今天下分崩，国主迁移，生民废业，饥馑流亡，公家无经岁之储，百姓无安固之志，难以持久……夫兵，义者胜，守位以财，宜奉天子以令不臣，修耕植，畜军资，如此则霸王之业可成也。”当时汉献帝西迁，王纲不振，但统治全国数百年的汉室仍具号召力，作为以皇q为依托的宦官的后裔，曹操无疑也知道汉天子在z治斗争中举足轻重的作用。因此，他极赏识毛玠的建议，当即派使辗转到长安，以示忠于汉朝廷，并l用h巾军余众，在许县（今河南许昌市西）附近开展屯田，聚集粮食，招纳军队，获颍川（治今河南许昌市西）名士荀彧为谋主。其后三年多时间，曹操将据有南阳（治今河南南阳市）的袁术逐至淮北，两次进攻徐州（治今江苏邳县南），败徐州牧陶谦，并消除内l，将一度袭据兖州的吕布逐至徐州。兴平二年（公元195年）十月，汉献帝任命曹操为兖州牧，黄河南边这块地方，成为日后曹操消灭北方割据群雄的s力基础。
兴平二年春，凉州军阀李傕击杀另一凉州将樊稠，焚毁长安宫殿，将汉献帝挟持到自己的军营中，郭汜则将汉室公卿扣作人质，相互攻杀。李傕部将杨奉叛离，于同年八月拥汉献帝东奔洛阳，他联合河东（治今山西夏县西北）白波军首领韩暹等，摆脱李傕、郭汜的围追堵截，于建安元年（公元196年）七月抵达洛阳。当时洛阳残破不堪，百官自己采集野草籽果腹，甚至饿死于残檐断壁间。荀彧趁机向曹操建议：“今车驾旋轸，东京榛芜，义士有存本之思，百姓感旧而增哀。诚因此时，奉主上以从民望，大顺也；秉至公以服雄杰，大略也；扶弘义以致英俊，大德也。天下虽有逆节，必不能为累。”曹操于是致信杨奉，表示自己粮食充足，可以接济。八月，曹操率兵入洛阳，反对接纳曹操的韩暹望风逃走，汉献帝以曹操为录尚书事、领司隶校尉，参预朝z。九月，曹操接受董昭的意见，以求粮为名，将汉献帝及朝廷百官迁到自己的根据地许县，改名许昌，以为都城，自任大将军，从而摆脱杨奉等对汉朝廷的控制，将汉献帝牢牢地置于自己掌握之中。
建安元年九月，汉献帝下诏给当时已据有青、冀（治今河北冀县）、幽（治今北京市）、并（治今山西太原市南）四州之地的袁绍，“责以地广兵多而专自树党，不闻勤王之师而但擅相讨伐”。这是曹操“奉天子以令不臣”的第一个z治行动。随后，汉献帝又下诏给吕布，称赞他诛杀董卓的功绩，令其与曹操共辅朝廷。献帝东迁后，关中出现q力真空，数十名大小军阀各拥兵自保，曹操任命侍中钟繇为守司隶校尉，持节都督关中诸军，凉州将马腾、韩遂分别送子到许昌为人质，曹操又通过汉天子将关中暂时置于自己的号令之下。次年，曹操又遣使任命当时已据有江东的孙策为骑都尉，继承其父孙坚乌程侯爵，领