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南京刑部负责南京诸司、公侯伯府、京卫所的刑名，明史上刘瑾就曾经因为南京刑部尚书吴洪依法断案不合其意而矫诏令其致仕。
南京工部的职责与北京中央的工部相仿，只是管辖地区限于南京及附近各省。
此外，南京工部也负责部分南方的税收（名义上叫“竹木抽分”，明朝工部、兵部都有收税权，并非户部独有）。
另外，南京户部刷印盐引勘合的铜版要由南京工部负责铸造。
南京礼部没有太多职权，因为皇帝鲜少来南京，礼仪祭祀活动并不多。
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