十二堂则有：刑堂、经堂、委积堂（后勤）、本草堂（炼丹）、外堂、招新堂等等，各司其职，这里不一一阐述。
其中竹峰为掌门峰，历任掌门都有竹峰一脉担任。
其余三脉设首座，长老，执事三层管理机制。
首座往日只负责内门的几位亲传弟子，而外门弟子则由长老和执事负责教导、管理，首座只需挑选时间讲课受道便可。
至于太上长老则由大乘期以上修为的长老担任，其中大部分是与首座、掌门同期的青云弟子。
青云十二堂，除了刑堂外皆由太上长老担任，至于刑堂事关重大，所以由三位首座选出一人担任。
但说是如此说，刑堂一职已经由菊峰首座当了上百年之久，这也是逆烨蚺声望直逼掌门的原因。
青玉剑宗规定，弟子在四峰求道，也需在十二堂中至少一门挂职。
但不管是任务还是堂主的指令都必须遵从自愿原则，不能强迫弟子参加。
总的来说堂主只有建议权，命令权依旧在四位首座手中掌握着。
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