973年哈里发穆仪兹迁都于此。公元972年建筑最大的清真寺爱资哈尔大礼拜寺。其后吞并麦加和麦地那。王朝统治中心遂转到埃及。在第五代哈里发阿齐兹（公元975～996）统治时期，国势极盛，成为版图横跨亚非两大洲的强大伊斯兰国家，同巴格达的阿拔斯王朝和西班牙后伍麦叶王朝形成鼎足之势。
公元996年，阿齐兹去世，其子艾卜·阿里·曼苏尔·哈基木（公元996—1021年）以十一岁继位。他在位期间杀大臣，毁圣陵教堂等基督教堂，歧视基督徒和犹太人。其后，哈基木自称真主化身，一个新教派奉之，即为德鲁兹教派，此派尚行于黎巴嫩。
公元1021年，哈基木被暗杀，其子扎希尔继位（公元1021—1035年）年十六。与东罗马皇帝君士坦丁八世约，罗马皇帝许以东罗马境内各清真寺中提念哈里发名字，许重建君士坦丁堡清真寺，而哈里发许重建圣陵教堂。
公元1035年，麦阿德·穆斯坦绥尔（公元1035—1094年在位）以十一岁登基，其母为犹太人所卖犹太女奴，与该犹太人摄政。在位六十年，国势迅速衰落。公元1043年失叙利亚于塞尔柱突厥。北非西部、西西里岛亦失。所可道者，唯公元1058年，原巴格达将军白萨西里强迫阿拔斯朝哈里发嘎义木把职位的各种象征（包括先知的斗篷和别的遗物）转到开罗，各地穆斯林开始奉开罗哈里发为正宗。
11世纪后期，开始衰落，大权落于亚美尼亚军人白德尔·哲马利手中。公元1094年，穆斯坦绥尔死，白德尔之子麦列克·艾弗德勒立其幼子穆斯台阿里。其**廷政变频繁，军人擅政，幼主频立，国家掌握的土地日趋缩小，财政收入窘迫。王朝军政大权落入大臣和马穆鲁克禁卫军军官手中。军队统帅控制国家大权，官制发展为世袭制，哈里发处于被保护的地位。各地总督割据，税收锐减，国库空虚。伊斯玛仪派内部分裂，波斯、伊拉克和中亚地区的伊斯玛仪派断绝与的联系。突尼斯和阿尔及利亚相继脱离王朝控制。
公元1096～1144年间叙利亚和巴勒斯坦大部分属地先后被塞尔柱王朝和十字军占领。公元1071年，诺曼人占领西西里岛，并蚕食了非洲大陆一些土地。十字军入侵埃及后，西亚赞吉王朝素丹**丁应末代哈里发阿迪德之请，派部将希尔库及其侄子萨拉丁率军往援。公元1171年萨拉丁推翻哈里发阿迪德(公元1160～1171)，自立为苏丹，灭，建立阿尤布王朝，从此在埃及恢复了伊斯兰教逊尼派地位。
继承和发展了阿拉伯东方伊斯兰文化，奖励科学研究，发展教育事业，文化发达，学术繁荣。公元972年在开罗创建爱资哈尔清真寺，并发展成宗教大学，世界各地学生来此求学，人才辈出，成为伊斯兰教什叶派宗教及学术文化中心。哈里发阿齐兹在开罗建立了皇家图书馆，藏书达20万册，收藏有大量各种文字珍本，仅用金泥书写的《古兰经》就达2400册。