于是计划被重新调整，为了安抚陆军，将帝国军事内阁降级，并入帝国总参谋部，帝国总参谋长因此有了对陆军军官的任命的管理权。
不过如此一来陆军的权力就会大增，那么约亨提出，建立帝国战争部压到帝国总参谋部头上去。原本普鲁士王国军事机构中是有个普鲁士战争部的，不过现在已经没了。
普鲁士战争部实际上就相当于普鲁士国防部，管理军队的行政事务，不过在有了海军部以后，战争部实际上就相当于陆军部了。不过因为普鲁士总参谋部的权利越来越大，普鲁士战争部的意义就越来越低了。
自从1870年以后普鲁士战争部就一直被总参谋部所把持，实际上名存实亡。在组建国防军时普鲁士总参谋部变成帝国总参谋部后，普鲁士战争部就没有意义了，然后被腓特烈三世取消。
而现在德国军事行政体系分成帝国总参谋部和海军部这两个互不统属的部门。约亨提出，既然如此，不如组建帝国战争部，将帝国总参谋部降格为陆军总参谋部，和海军总参谋部一起被帝国战争部管辖。
并且参照海军，将军需总监从总参谋部中分离出来，学习海军那样组建独立的陆军办公室，而原本的总参谋部的职能变成了陆军总司令部的职能。各军种军事内阁这个名称被取消，改为各军种人事部。
各军种负责自己内部的人事任命，装备采购，后勤等任务，但是行政体系上是隶属于战争部之下的，各军种编制规划等一些工作需要通过战争部长批准，不过战争部长没有作战指挥权，只能对帝国的国防政策进行规划。
战争部长由文职担任，作为首相内阁的国防政策顾问。这样一来打压了陆军总参谋部的权利，将海军提升至和陆军相同的地位，加强了首相的权威，也符合议会的要求。
当然，德国军队内部的旧势力对于这种削权行为肯定是抵触的，因此保留了军种的作战指挥权、人事独立、装备采购独立，最大限度的保留了军官团们的权利。
腓特烈三世对当年瓦尔德泽和军事内阁联手让战争部被总参谋部把持一直感到不满，因为帝国总参谋部的职能范围已经超过战争部而被取消，也让腓特烈三世认为是有违传统的。在这种形式下建立一个可以协调陆海军之间的军事行政部门是有必要的。
但是此时的陆军总参谋部的权力很难削弱，因此新的战争部的权力只能说比1947年的美国国防部长那种是“各有一套人马的军种部的人质”的情况好上那么一点，还不如1949年《国家安全法》通过后的美国国防部长的权力，至少这个时候的美国国防部长有了管各军种预算的权力了。
总的来说，皇帝失去了人事任免的权利这对皇帝掌握军队是不利的；陆军总参谋部则获得了军官任免权，但是其不能再影响首相和皇帝的国防政策了，不能利用军队绑架国家政策，这是有利的。
首相对军队的干涉能力