卫国战争爆发后，宣祖不得已立世子。宣祖给明廷上书“临海有病，决不可封。光海则贤明仁孝，耆老文武，举国人心要为世子。”随后，临海君被日军俘获，在特殊时期更是彻底失去了继位的可能性。后来日军进攻神速，宣祖后来为了逃命，竟然要将光海君留在朝鲜建立“分朝”，自己跑到明朝避难。虽然光海君分朝的时间很短暂，但是由于光海君在朝鲜招募义兵组织抗战，在朝鲜各阶层中都建立了极高的人望。明朝一边，万历的立储之争一直到以立长子朱常洵为太子为止。在这种情况下，明廷高级官员万万不可能同意立光海君为世子的要求。由于明廷一直没有批准正式立光海君为世子，所以形势逐渐发生了变化。宣祖末年，逐步形成了以嫡子永昌大君、庶长子临海君、庶次子光海君、庶五子宁远君为核心的几个党派。宣祖由于本人在壬辰卫国战争中声望大幅度受损，同时随着宣祖本人对党争的失去控制，宣祖逐步认为光海君是自己的威胁，开始倾向于改立嫡子永昌大君为世子。甚至光海君问安宣祖，宣祖都拒绝接见。还有一次光海君问安时被宣祖呵斥“你只是临时的世子，以后不要再以世子自称了。”
光海君的世子之位从来没有一天做安稳过，本身不是长子，又赶上了万历朝的立储之争，而立为世子就是为了和日军作战，后来还有了作为嫡子的弟弟。在这种情况下，野心家们自然蠢蠢欲动了。小北派官员李尔瞻、宣祖的尚宫金介屎一起毒杀了宣祖，造成了光海君的提前继位。
光海君曾经亲自参与过壬辰卫国战争、广泛接触到朝鲜社会各阶层的君主，是朝鲜历史上少有的有作为、有能力的君主。他为了改变朝鲜上百年来的积弱局面，加强中央集权，推行了很多举措。但是，就是这样一位君主，最后仍然被政变推翻。推翻他的人为了让自己的地位显得正当于是给这次政变起了一个名字叫做“仁祖反正”。而仁祖反正这些人最后仍然爆发了剧烈的武装冲突——李适之乱。
而对于朝鲜来说，正是这个仁祖，为了使自己区别于光海君才没有在明清两边搞平衡，而是义无反顾地“亲明排金”。其实他根本就不是真心想要帮助明朝这个父亲之国，而是为了使自己看起来更有合法性。最终朝鲜正是因为没有采取光海君在明清两边的平衡外交而是“亲明排金”从而被洪太连打两次，几乎再次亡国。人口再一次暴跌，不足八百万了。
同时，全球气候导致的小冰河期使得朝鲜也大受影响，北方干旱，农田荒芜，粮食减产，人口无可增加。
朝鲜孱弱已经无力回天。战争摧残，人口减少，经济下滑，党争激烈，政变频繁，天灾不断，军备废弛，朝鲜看起来比照欧洲像是一个大国，其实已经如同西元十六世纪以后的波兰一般。
由于一系列天灾人祸，到了李存真入侵朝鲜的时候，朝鲜的国力其实已经越来越沦丧。经过孝宗励精图治，朝鲜国力有所提升，但是仍然聊胜于无，李棩极为更是昏聩无为。在南明和朝鲜重新确立了藩属关系之后，朝鲜的实力有所提