位于哲蚌寺。
色拉寺位于拉萨城北郊的色拉乌孜山，寺主称“色拉赤巴”，有时也是由达#赖兼任，色拉寺是培养武僧的基地，进入中原地区的佛教黄派武林高手，多半出自色拉寺。
而扎什伦布寺位于日喀则西郊，是班禅的修行地，当然此时还没有班禅的封号，“班禅”是大清顺治二年（公元1645年）由顺治赐封的。
但扎什伦布寺的寺主地位极高，甚至高于甘丹寺的甘丹赤巴，每逢达#赖去世后，寻找转世灵童、处理政务工作时，他都临时主政，地位可见一斑。
但由于日喀则地区人口远远少于拉萨，经济收入不如拉萨地区的寺庙，所以班禅在黄教中地位屈居达#赖之后。
让人觉得不可思议的是，四大教派虽然各有自己的传统领地，但都在整个藏人区广建寺庙，因此，格流派的寺庙往往混杂在一起，给各流派的纷争埋下种子。
乌斯藏是大明土地上少有的政教合一的地区，其宗教纠纷也与地方政权有着千丝万缕的联系。
从蒙元开始，统治乌斯藏的首领是来自山南地区桑日县的帕木竹家族，首领被赐封为“大司徒”，大明建国后，洪武帝赐封为“兰花王”。
后来政权被当地的朗氏家族继承，以乃东县为统治中心，主要活动在前藏地区，也就是拉萨。
随着帕木竹政权逐渐**，各地方首脑渐渐建立自己的势力范围，成尾大不掉之势，这些地方首脑的职务，沦为终身制，后来又称为世袭制。
后来，帕木竹政权的外戚格氏家族逐渐取得对地方的控制，建立了以日喀则为中心的实质上的政权，藏人称之为“仁布巴”，大明朝廷也予以认可，嘉庆四十二年（公元1563年），仁布巴的家臣辛厦巴才旦起兵反叛，辛厦巴家族控制了乌斯藏地方政权，首领称“第斯藏巴汗”。
大明万历四十年（公元1613年），继任者彭措南嘉控制了阿里地区，这一地区的许多小国都被占领，除古格王朝外，整个乌斯藏基本上为辛夏巴家族所控制。
但辛厦巴家族崇尚噶举派（白教），极端仇视格鲁派（黄教），仇视格鲁派给藏传佛教带来的革命性大洗牌，因此，常常武力威胁格鲁派。
大明万历四十五年（公元1618年），彭措南嘉武力占领色拉寺和哲蚌寺，屠杀、驱赶寺中格鲁派僧人，破坏庙宇、建筑，并随后正式建立以日喀则为中心的乌斯藏地方政权，成为继帕木竹巴、仁布巴之后又一世俗的乌斯藏贵族政权，彭措南嘉自称藏巴汗。
大明天启元年（公元1621年），丹迥旺波继任藏巴汗，依然仇视格鲁派，达#赖四世去世后，丹迥旺波不让他转世，企图消灭哲蚌寺。
大明崇祯三年（公元1630年），格鲁派在蒙古和硕特部的帮助下，企图收复色拉寺与哲蚌寺，双方经过激烈的武装斗争，最终丹迥旺波获胜，但为了防止敌人依据城