名士张俭为中常侍侯览记恨，密令州郡捉拿。
张俭与孔融兄长孔褒是好友，于是逃到孔褒家中，孔褒却不在。
当时孔融年仅十六岁，张俭认为孔融年轻，没有告诉他自己的处境。
孔融看张俭窘迫的样子，对张俭说：“兄长虽然在外未归，我难道不能作为你的东道主吗？”因此留张俭住在自己家里。
事情泄漏，自国相以下的人，秘密压下此事，张俭得以逃脱。
后来还是被官府知道，将孔褒、孔融兄弟逮捕入狱，但不知二人谁是窝藏张俭主犯。
孔融说：“是我收容匿藏张俭，有罪我担。”
孔褒说：“张俭来找我，不是我弟罪过，我心甘情愿领罪。”
官吏问其母亲，其母说：“一家人犯事，长辈承担，罪责在我。”
一门都争着赴死。
郡县迟疑不能决断，于是向朝廷请示。
诏书最后定了孔褒的罪，孔融因此而闻名。
州郡以礼策命，他都不赴任。
孔融后来受到司徒杨赐征召，成为司徒掾属。
在任期间，孔融暗中察访贪污官吏，准备予以贬谪罢免。
孔融检举的多为宦官的亲族。
朝中尚书害怕得罪宦官，于是召孔融等司徒属官诘问斥责。
孔融陈述宦官子弟的罪恶，毫不隐讳。
黄巾起义爆发后，何进升任大将军，杨赐派孔融拿着名片去祝贺何进，因门人未及时通报，孔融就把名片夺回，引罪自责而去。
河南尹官属认为丢了面子，想要派剑客追杀孔融。
有宾客对何进说：“孔文举有盛名，将军如果与他结怨，四方之士就会相随而去，不如以礼对待，使天下人都知道将军的胸怀广大。”
当时何进正要笼络名士对付宦官，于是征辟孔融为大将军掾属，又举其为高第，迁任侍御史。
孔融又因为与上司御史中丞赵舍不和，托病归家。
后来，孔融被征为司空掾属，授为北中军侯。
在职三天，转任虎贲中郎将。
那时董卓总揽朝政，想要废掉汉少帝刘辩。
孔融与董卓争辩，言辞激辩，常有匡正的言论。
董卓怀恨在心，将孔融转任议郎，随后又暗示三府（太尉、司徒、司空）举荐孔融到黄巾军最为猖獗的北海国（今山东昌乐西）为国相。
孔融到北海后召集士民，聚兵讲武，下发檄文，亲写书札，与各州郡通气，共同谋划。
因讨伐黄巾军张饶战败，又集结官吏百姓四万多人，再设置城邑，设立学校，彰显儒术，举荐贤良，善待国人。
孔融对待国人，就算只有一点微小的