两层，第一层就是沈一凡等人看到的如同蒙古包额圆拱石砌建筑，第二层就是他们脚下的那支巨大的古船。
牢房的建设其实并不是沈一凡等人想的如此简单，只是沈一凡等人猜测出来建造的方式大致相同，他们首先将琵琶洲征用，将整个琵琶洲围在了城墙之内，又将琵琶湖周围建造了城墙，在琵琶湖周围建造大小不同的蓄水库若干个，然后将琵琶湖的水全部抽干，加固琵琶湖床。
先用千年阴木开始建造船体，而在抽干琵琶湖水后，他们发现了一个洞窟，进入后发现内有玄机。
札记中并没有写这个洞窟内部的情况，而是写道：“封策告诫尔此为不详之穴，万不可入。”余小谷将此事禀明朱棣，事后三日来了一名高僧，字洞窟上建造了一座神庙，以昆仑木为树，秦皇石成佛，北斗蓝玉铺殿，火山灰岩为壤，豢养山海玄龟征收，成于湖水之中，留通道于困龙舟尾。
沈一凡看到这里心里一个念头，那就是那洞窟就是玄武谜葬的入口？如果是这样倒也好办了，找到札记中记载的地方便是可以。
而他们脚下的古船原来是以千年阴木为材料，脚下的巨大古船，那是要用上多少阴木方能造成？
千年阴木是世上四大神木之一，昆仑木；阴木；北滨海沉树和东海定海针，并称四大神木。至今世上能看到的就是阴木，而千年阴木沈一凡等人也是头回看到过。
传闻阴木生长在大山丛林背阴面，因为阳光吸收的少，所以生长速度特别慢，阴木要十年出一圈年轮，一棵可成才的阴木起码要上千年，这种木头坚硬无比，防腐防烂，不占灰尘，不留水滴，既有浮力又有相当高密封性能，是棺椁寿材的上上佳品。
不过阴木在四大神木中是排在最后的，最为传神的乃是昆仑神木，和东海定海针，我们在此就不展开所写，后续慢慢道来。
沈一凡此时才明白他们脚下的古船为什么如同新建的一般，其实就是阴木的特性之一，而阴木最大的功能是镇邪锉魂，古人认为阴木为天地最阴之物，故此能镇邪锉魂。
札记里还记载一件事情，就是余小谷在建造此地牢房的时候，无意间挖通了一个溶洞，札记上没有多记载溶洞内有什么，而是写道：“洞有异物，庞然而懒动。如龙似蛇。耗三千精壮方才擒获，献于陛下。”
札记中记录湖底牢房建造了将近十年，当阴木困龙舟建造好之后，就将此地用石砖磊砌包裹在内，而磊砌包裹所用的石砖也非普通的石砖。
札记上记载，磊砌这里的石头都是从秦岭远送而来，叫做秦皇石，为秦岭深山中的一种矿石，色泽如同黄玉冰凉刺骨，表面易雕琢，内心坚硬如铁。
沈一凡抬头看了下拱顶的石砖也是唏嘘了一口，没想到这种看似非常普通的石块居然是传说中秦皇石。传说秦皇石在秦朝就已经灭绝，因为秦始王的陵墓全都使用秦皇石修建，最后一小块秦皇石做出了打开秦皇陵的钥匙