被当时的东林党所排斥，一直无法得任实职。
崇祯十六年年底，黄淳耀对朝堂倍感失望，回到嘉定老家开办私塾，教书育人，听闻崇祯十九年科举改制，遂嘱咐其弟黄渊耀来京参试，借以试探。
黄渊耀这个人崇祯皇帝也从卷宗上了解到，的确是个人才。
首先，这两兄弟都对延续千年的八股取士流露出不满之情，已经在这个时代算是有了些远见，其次，崇祯皇帝了解到黄渊耀此人幼颖异，又好学。
黄渊耀十五岁就补诸生，深受其兄黄淳耀教习，厂卫密奏，说他性格洁好耿直，不随和与人交往，谈论大势伦理之时，却往往又能不讳权贵，直言其害。
受此影响，崇祯皇帝决意让丙戍科文举榜眼黄渊耀补山东道监察御史之缺，职衔正七品，即刻离京赴任，并且下谕召其兄黄淳耀入京面圣，意欲复用。