十月，桓温升任徐州刺史，并都督青徐兖三州诸军事。他与庾翼交好，曾相约一同匡济天下。
嘴上这么说，还不知心里是怎么盘算的，桓温这样的人，才不信他能有与别人一同匡济天下的胸怀。
之后庾翼病逝，临终前请求让儿子庾爰之接掌荆州，但辅政的侍中何充却推荐桓温。丹杨尹刘认为桓温确有奇才，但亦有野心，不能让其掌握荆州形胜之地。他建议会稽王司马昱自领荆州，但司马昱却不肯采纳。
司马昱是谁？东晋第八位皇帝简文帝，不过这个时候他还没有成为皇帝，但是他也看出桓温的野心，推荐殷浩等名士辅政，以图对抗威权日重的桓温。
但，也不知是司马昱眼光太差，还是殷浩这个人太废，不但没有给司马昱帮上忙，反倒因为北伐之事，被桓温给废了。
不过从司马昱推拒来看，当时的桓温，能让一个皇族畏惧，或许已经有了不小的势力。
于是同年八月，桓温升任安西将军、荆州刺史，持节都督荆司雍益梁宁六州诸军事，并领护南蛮校尉，掌握了长江上游的兵权。
之后平蜀，朝廷封赏平蜀之功，欲封桓温为豫章郡公，却被尚书左丞荀蕤劝止。最终，桓温被封为征西大将军、开府仪同三司、临贺郡公。
桓温的势力都已经在逐渐露头，司马昱都请外援来抑制其势力了，朝廷居然还要封他为豫章郡公，真不知道是怎么想的。
西晋初，因如何封建产生了多种意见，其中西晋时期官员、律法学家刘颂在论封建利弊时曰：
“国有任臣则安，有重臣则乱。树国本根不深，无干辅之固，则所谓任臣者，化而为重臣矣。”
什么意思？就是说，国家有能任用的大臣时，则是安稳的，但国家一旦出现手握大权的重臣时，则会陷入混乱。国家刚建立不久（这里指西晋），根基不深，又没有可担当重任之人来牢固其根基，这时，所谓的任臣就会转化为重臣。
吕思勉也指出，导致西晋“八王之乱”的原因，并非是采用了实封制，而是因为任命宗室诸王太重。
东晋在处理桓温的事情上，就是将任臣发展为了重臣。
朝中除桓温外，再无可任用之人，名誉、声望渐渐的都集中到了桓温身上，而桓温这个人本身就有野心，现在既然外在条件都在逐渐成熟，哪有不掌权的道理？
之后，桓温借殷浩北伐失利，对其进行弹劾，迫使朝廷将殷浩废为“庶人”，这些朝堂之上，彻底没了能制约桓温的人，从此，朝廷内外大权尽归桓温，朝中已无人再能阻止桓温北伐。
之后，桓温进行了三次北伐：
一伐前秦，这个之前讲过，这里就不累述了。
二伐姚襄。姚襄是之前提到的姚戈仲的儿子，也是建立后秦的姚苌的哥哥。
初随父亲归顺后赵，父亲死后归顺东晋