职后，多次和崇祯奏对，其对内对外的治理意见也都符合崇祯的心意，崇祯难得遇上这么一个合胃口的臣子，当然要大加提拔：
时中原饥，群盗蜂起，嗣昌请开金银铜锡矿，以解散其党。又六疏陈边事，多所规画。帝异其才。
嗣昌锐意振刷，帝益以为能。每对必移时，所奏请无不听，曰：“恨用卿晚。”
重点是杨嗣昌属于实干派，他的建议大多言之有物，不是空谈，比如他提出的“攘外必先安内”的对清战略和“四正六隅，十面张网”的对流寇的围剿方法等，其实是有相当可行性的，基本上是针对明朝当时实际面临的困局而有的放矢。
再者，杨嗣昌愿意为崇祯背锅。崇祯这个皇帝有个缺点，他认为皇帝不应该为臣子背锅，有错臣子来认，有功归于皇帝，这就导致了没有几个臣子愿意和他交心，这也是他在位十七年间不断更换内阁大臣的由来，做事就没有绝对的成功与否，领导又不愿意适当庇护，时间一长，就没有人愿意提建议，都是得过且过了。
而杨嗣昌却因为感激崇祯当年放他父亲杨鹤一马的恩德，愿意为崇祯效死，在全天下都没有人敢提出和清朝议和的情况下，他从实际出发，不惧流言，主动为崇祯排忧解难，提出先和清朝媾和的建议，并且表示“人不肯担其责而臣担之”，有这样的态度当然让深恨群臣不能为之办实事的崇祯欣赏。
有以上几条，在崇祯眼里，杨嗣昌就是无私为国，有才可以救国的擎天之臣。杨嗣昌主持的剿匪进展缓慢，崇祯拒绝给他定罪，杨嗣昌因见解不一陷害卢象升致死，因指挥失误致使济南失陷，亲王被杀，崇祯依旧不给他定罪。杨嗣昌举荐的熊文灿放纵张献忠降而复叛，崇祯也仅仅只是派他出去负责剿灭张献忠，还为杨嗣昌作诗鼓励：
盐梅今暂作干城，
上将威严细柳营。
一扫寇氛从此靖，
还期教养遂民生。
崇祯一辈子就没给几个臣子写过诗，除了秦良玉就是杨嗣昌，可见对其信赖到什么程度。杨嗣昌在围剿张献忠的军事行动中失利，导致襄阳陷落，封地在襄阳的襄王被杀，杨嗣昌本人忧惧而亡。他死后，崇祯还极其伤心，在群臣要求追究杨嗣昌失陷亲王的责任时多次为他辩解，杨嗣昌很难得的成为死后被崇祯惦念的大臣：
乃昭雪嗣昌罪，赐祭，归其丧于武陵。嗣昌先以剿贼功进太子少傅，既死，论临、蓝平盗功，进太子太傅。廷臣犹追论不已，帝终念之。
要知道，当初孙承宗、卢象升为国战死的时候崇祯是连汗毛都没有赏赐过一根，孙承宗仅仅是传旨抚恤，连追封都没有，卢象升更是死后尸身三个月都没有安葬。后来明朝唯一的希望孙传庭战死，崇祯甚至怀疑是假死，拒绝抚恤。纵观崇祯一朝，唯有杨嗣昌死后能得到崇祯帮助辩解的待遇。
杨嗣昌在后世的名声褒贬不一，因为崇祯十一年卢象升战死的缘