崇祯四年，曹化淳在宫中的地位已相当显赫。该年夏，曹化淳主持在家乡王庆坨建造了玄帝殿和观音阁，并亲撰碑文。
崇祯十一年，任司礼秉笔太监、东厂提督，总提督京营戎政的曹化淳因病乞准告假，向崇祯帝连上三疏。
崇祯十二年二月，曹化淳蒙允告假还乡。
曹化淳同胞兄弟五人，三兄化富、四兄化勤早丧，曹化淳与同朝为官的次兄后军都督化雨关系最为密切。崇祯十六年六月六日，曹化雨病逝，因长兄化春年迈，殡葬及转年春立碑、建亭等事均由曹化淳亲临料理。
甲申三月，曹化淳不在北京，其时已经乡居六载。
甲申五月，清军入京，为崇祯皇帝后发丧三日，追赠庙号怀宗。十月，顺治移驾北京，曹化淳赴都上疏，请妥善处理怀宗帝后陵寝。经恩准，委内官监冉肇总理其事。
此时，顺天府杨博，宛平杨时茂等分别上疏参告曹化淳“开门迎贼，贼入城，挺身侍从，今清入都，又复侍从，此卖国乱臣，虽万斩不足服万民心。”
曹化淳上疏辩诬，奏辩甚力。奉旨“曹化淳无端抱屈，心迹已明，不必剖琛，该部知道。”[
曹化淳与东林交好且为人忠厚，并没有其他恶迹，竟然也遭到文人的污蔑，蒙“开城纵贼”之冤。“家居六载还遭谤，并信从前使不真。”他终于体会到了文人的无耻，感受到了被他排斥的魏忠贤的无奈。
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