下，何况还有汗父宣布确定的八和硕贝勒共治国政制，自己没有力量把他们制服，使他们如同汗父在世那样听从国主的管辖。而且，半年前兵败于宁远城下，士气不振，汗父晚年的弊政又激起辽民强烈反抗。周围四面皆敌，明辽东巡抚袁崇焕利用宁远大捷，广修城池，训练士卒，欲图乘机收复失地。蒙古察哈尔部林丹汗也跃跃欲试，准备联明反金。朝鲜更是久欲助明反击，支持明平辽总兵官毛文龙。这种内外交困的艰难重任，代善是担当不起的。这一点，代善内心十分清楚，他的左右手岳讬、萨哈廉也非常明白。
代善在翌日向大贝勒阿敏、莽古尔泰及贝勒阿巴泰、德格类、济尔哈朗、阿济格、多尔衮、多铎、杜度、硕托、豪格等提议立四贝勒皇太极为汗，以八和硕贝勒共同推举的形式拥立了新汗。
皇太极执政初期代善协助有功。
皇太极继位为汗之后，与十四位贝勒议定君臣之间的礼仪，并且盟誓昭告天地。誓词赋予代善与阿敏、莽古尔泰三位大贝勒教训子弟的特权，他们对阿巴泰、阿济格等十一位“子弟贝勒”，有管教之权、辖束之权，如果这些贝勒藐视代善三人，则将短命而亡。
1626年（天命十一年）农历十月初，代善和阿敏等八位贝勒，率精兵一万，往攻蒙古喀尔喀扎鲁特部，生擒巴克贝勒父子及喇什希布、戴青、桑噶尔寨等十四贝勒，斩鄂尔塞图贝勒，俘获其子女人民牲畜之后返回。
1627年（天聪元年）正月初一，后金国举行新年朝贺仪式，皇太极居中，代善与阿敏、莽古尔泰分坐其左右，四人并肩端坐殿上，接受群臣叩拜。五月，与阿敏、硕托率正红、镶红、镶蓝三旗兵征明，攻锦州，直逼宁远城，斩杀无数，因夏天炎热班师。
1629年（天聪三年）农历十一月，皇太极亲率大军征明，入洪山口，克遵化，直趋北京。明朝总兵满桂、侯世禄以兵来援，至德胜门。代善领兵进击败之，追至隘口，掩杀甚众。十二月，攻克良乡，破明军于永定门南。随皇太极率护军炮手五百侦查蓟州形势，代善先发，遇上明朝山海关步兵五千来援蓟州，距城二里许，两军相遇，明军不敢入城，遂立营，环立车盾枪炮。代善率左翼四旗护军攻其东，破之。
受到猜忌，晚年压抑。
1635年（天聪九年）农历九月，因为代善私自设宴款待，并馈赠财帛给怨恨皇太极的姐姐哈达公主，皇太极登门责问代善是何居心。之后，皇太极召集诸贝勒大臣会议，罗列代善一系列罪名，并予以当面斥责：“古往今来，无论强大的君主，幼小的君主，拥戴为君的，都是君主。既为君主，就要一统制令，怎能不分轻重？而今，正红旗（代善所统）贝勒等轻视君主之处太多。大贝勒以前随我征伐明国，违背众贝勒意愿欲中途回军。出征察哈尔时，又固执欲回。此外，赏罚不公，偏袒本旗。我喜欢的人，他讨厌，我厌恶的人，他喜欢，这不是离间相互关系吗？”
皇太极在历数代善罪状