当捷报传到京师时，李渊高兴地对公卿说：“朕听说使用有功劳的人不如使用有过失的人，李靖果然立了大功。
”立即颁下玺书，慰劳李靖说：“卿竭诚尽力，功绩特别卓著。天长日久才发现卿无限忠诚，尽量给你嘉奖赏赐，卿不必担心功名利禄了。”
李靖的精诚至忠博得了李渊的信任。李渊改变了对他的成见，并亲笔写敕与李靖说：“既往不咎，以前的事我早就忘了。”
武德四年正月，李靖鉴于敌我双方的情势，上陈了攻灭萧铣的十策。李渊对此颇为重视，二月即任命李孝恭为夔州总管，擢任李靖为行军总管，兼任李孝恭的行军长史。李渊又以为李孝恭不太精通军旅之事。
“三军之任，一以委靖”。李靖实际上已成为三军统帅，李靖组织人力和物力大造舟舰，组织士卒练习水战，做好下江陵的准备。同时，他见巴、蜀之地归附唐朝不久，各部族还不太稳定。
为了解除后顾之忧，李靖劝说李孝恭把各部族酋长子弟都召集到夔州，根据才能的优劣分别授以官职，安置在左右，“外示引擢，实以为质”。这对于稳固巴、蜀政局起了积极的作用。
这年九月，李渊诏令调发巴、蜀兵士，集结于夔州，并任命李孝恭为荆湘道行军总管，李靖兼行军长史，统辖十二总管，自夔州顺流东进；又任命李瑗为荆郢道行军元帅，出襄州道，为北路军。
黔州刺史田世康出辰州道，为南路军；黄州总管周法明出夏口道，为东路军。四路大军分头并进，一齐杀向江陵，发起了一场规模巨大的军事攻势。
适值秋天雨季，江水暴涨，流经三峡的涛涛江水咆哮狂奔而下，响声震撼着峡谷。萧铣满以为水势汹涌，三峡路险难行，唐军不能东下，遂休养士兵，不加防备。
唐将也大都望而生畏，请求待洪水退后再进兵。李靖以他那超人的胆识和谋略，力排众议，说：“兵贵神速，机不可失。
如今军队刚刚集结，萧铣还不知道，如果我们乘江水猛涨出师，顺流东下，突然出现在江陵城下，正是所说的迅雷不及掩耳，这是兵家上策。
纵然萧铣得知我将出师的消息，仓促调集军队，也无法应战，这样擒获萧铣，定可一举成功。”
李孝恭依从其议，遂率战舰二千余艘，沿着三峡，顺流东进。
由于萧铣毫无防备，唐军连破荆门、宜都二镇，并乘胜前进，十月即抵夷陵城下。
这时，萧铣的骁将文士弘率数万精兵驻守在附近的清江。李孝恭大兵一到，即想进击。
李靖劝告他说：“文士弘，是萧铣的健将，士卒精锐骁勇，现在荆门刚刚失守，他把精锐兵力全都派出来迎战，这是救败的军队，恐怕锐不可挡。
我们应当暂且把战船停泊在长江南岸，不与敌人交锋，等到他们士气衰落，然后出击决战，一定能攻破敌军。
”李