宴饮，暗中下毒，李世民饮后心中暴痛，吐血数升。在李建成和李世民的斗争中，齐王李元吉完全站在李建成一边，他和李建成经常会同后宫谮诉李世民。
李渊常常偏袒太子，信以为真，要加罪于李世民，幸亏陈叔达常常进谏，李世民才幸免于难。紧接着，李元吉又密告李世民有谋反之意，要求速斩世民。
不过此时李渊明智，他认为李世民有平定天下之功，谋反的证据又不足，没有下手杀害李世民。
在争夺皇位的斗争中，李建成和李元吉合在一起的实力大于李世民，况且李建成又处于太子地位，这更趋于优势地位。
这种形势使秦王府的僚属非常担心。房玄龄、杜如晦和长孙无忌等都认为，必须先发制人才能转危为安，他们劝李世民早下决心，尽快除掉李建成和李元吉，以保国家长治久安。
当然，李建成也看到了这一点，他想方设法瓦解秦王府的武将、谋士，不过这一策划没有获得成功。于是他们便在李渊面前诬陷房玄龄、杜如晦。李渊听信谗言，把房、杜二人驱逐出秦王府。
武德九年（626）夏，突厥数万骑犯边。李建成认为瓦解、分化秦王府精兵强将的机会来了。他向李渊推荐，由李元吉代李世民出征。
李元吉又请求将秦王府的名将尉迟敬德、程志节、段志玄、秦叔宝等调归自己使用，以增强北征实力。这一着实际上是要扼杀李世民。李世民感到危在旦夕，便与长孙无忌、高士廉、尉迟敬德等商讨对策，并派人密召房、杜二人进府，密商计策。
经过一番精心策划，李世民于武德九年六月四日发动了“玄武门之变”，在玄武门内设下伏兵，一举射杀了李建成和李元吉，为李世民夺取皇位扫清了障碍。
接着，又逼着李渊立李世民为太子，此时军政大权已完全落在李世民手中。李世民拜杜如晦为左庶子，协助他处理政务。同年七月，又调任杜如晦为吏部尚书。
善于理政善于治国
武德九年八月，李渊让位。李世民即帝位于东宫显德殿，改元贞观，尊李渊为太上皇。李世民做了皇帝，对群臣论功行赏，以房玄龄、杜如晦等五人功居第一。
进封杜如晦为蔡国公，赐食邑一千三百户。贞观二年晋升杜如晦为检校侍中，兼吏部尚书，检校侍中，即代理侍中，是门下省的长官，也就是宰相。
贞观三年唐太宗下诏授杜如晦为右仆射。从此，杜如晦与房玄龄同朝为相，为唐朝的盛世之治呕心沥血。
杜如晦是宰相，又是吏部尚书，执掌着选官任能的大权，他在引荐贤才，罢除不良官吏等方面，做了许多工作。
杜如晦取士用人，注重实践。当时选官取士往往重言词口笔，而不察其品德。杜如晦录用人员，主张先由州郡推荐，然后考核录用。在临终前他还推荐刚正不阿的戴胄做吏部尚书。