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孝恭首先聘用四川诸土司的子弟随军出征，名为重用，其实是胁为人质，以免后院起火。
他从宜昌出发，率领大军顺长江而下到荆州，打败了萧铣的水军，缴获船只无数。他任凭那些无主的船只顺流而下，不管它们。
手下说：“如果敌人得到了这些船，就会从水路攻打我们，怎么能随便丢弃不管呢？”
孝恭说：“不然，萧铣势力范围这么广，现在我们还没有打下荆州城，如果他的援军到来，我们腹背受敌。虽然有这些船，难道还能把它们逆流而上划回宜昌去吗？我让这些船顺流漂下，下游的敌人以为萧铣已经被我们平定，迟疑不敢进兵。等他们十天半个月之后侦察到实情，萧铣也已经被我们平定了。”
果然，萧铣部下进军到岳阳，看到无数空船顺流漂下，以为萧铣已经败亡了，不敢轻进。萧铣被唐军重重围困，只好出城投降。
接下来，孝恭分路派人南下招抚，岭南四十九州纷纷归附。
第四份功劳，是平定辅公祏[shi]。辅公祏是农民起义领袖，投降唐军后反叛，据有江东之地，率军攻打山西寿阳，威胁到了唐军的大后方。
武德七年（624），李渊派遣李靖、李勣（《说唐》里面的徐茂公）等名将受李孝恭节制，讨伐辅公祏。
快要出发的时候，将士们在一起喝酒，李孝恭端了一碗水正要喝，突然水变成了一碗血。诸将看见，认为是不祥之兆，大惊失色。孝恭神情自若，端着水，不慌不忙地说：“祸福无门，惟人自召。我扪心自问一生无愧神明，大家不要过于担心。辅公祏恶贯满盈，我奉天子之命讨伐他。这碗血就是辅公祏灭亡的预兆！”当即一饮而尽。时人叹服孝恭气势恢弘。
果然，李孝恭先用骄兵之计，继以夜袭，打得辅公祏大败亏输，平定了江南。
天下大定后，李孝恭被封以高官显爵，但是他从来没有骄矜之色。有一次，他闷闷不乐地对亲近的人说：“我住的房子太过于宏伟壮丽了，这不是我的本心。我要卖了它，再建一所小点的，只要能住就行了。我死了以后，子孙如果有能力，守着它也足够了。如果子孙没有能力，这样华丽的府第，只会给他们招来祸患。”
《旧唐书》说：“隋朝末年，群雄并起，都被李世民平定了，那些立下汗马功劳的将领，都是跟随李世民征战，很少有自成格局的。只有李孝恭独当一面，威名赫赫。”
在唐初的“凌烟阁二十四功臣”里，李孝恭排名文臣长孙无忌之下，屈居第二。大唐的半壁江山都是李孝恭平定的，他的功劳还不够大吗？为什么他没有排第一呢？
也不为什么，就因为长孙无忌参与发动玄武门之变，是李世民夺得皇位最坚定、也是最重要的支持者。李世民评选“二十四功臣”，肯定要长孙无忌坐头把交椅啦，如果民主投票，恐怕就没他的份喽。