太宗甚至还下令让他搬进武德殿居住。
贞观八年三月甲戌，太上皇李渊在两仪殿大宴西突厥使者，唐太宗与长孙皇后亲自奉上膳食以及衣物等，全部都是奇珍异宝，长孙皇后又亲自为唐高祖梳头，为他戴上冠冕，并感慨道：“至尊年事已高，头发都全白了。”
众人无不伤感流涕，一家人如同寻常百姓一样。
庚辰，长孙皇后与唐太宗一起驾幸九成宫，一天夜里柴绍匆忙前来上报说有急变，唐太宗不得不穿上盔甲离去，而同床共眠的长孙皇后虽然正抱病在身，但也坚持要一同前往，宫人纷纷劝止。
长孙皇后却说：“陛下如此震惊，我又如何能够安心养病？”
当长孙皇后举行了亲蚕礼之时，长孙皇后身体不适，唐太宗担忧之下接连请了昙藏法师、法常法师等诸位得道高僧进宫为妻子受戒祈福。后来昙藏法师逝世于会昌寺，长孙皇后与太子李承乾皆派人前往为其吊丧，唐太宗又下诏安葬了昙藏法师。
法常法师也因为为皇后受戒的缘故，得到唐太宗的旨意有幸成为了空观寺上座。
随着长孙皇后病重，李承乾为母亲的病情十分忧心，想要大赦天下以此为母亲祈福，但长孙皇后毫不犹豫地拒绝了。
并说道：“死生有命，非人力所能改变的。何况赦免囚犯是国家大事，崇尚佛教又是陛下所不为之事，怎么可以因为我一介妇人而乱了天下的法度呢？”
承乾于是把这件事告诉了房玄龄，唐太宗与朝中大臣十分感慨，大臣们纷纷请求大赦天下，但是长孙皇后坚决拒绝了大赦一事。
唐太宗虽然不忍违逆妻子的意思，没有大赦天下，但是却另辟蹊径，想到了用别的方法来为爱妻祈福。
唐太宗下诏说：“皇后虚风日久，未善痊除，修复废寺，以希福力，天下三百九十二所佛事院宇，并好山水形胜有七塔者，并依旧名置立。”
唐太宗下令大修天下392所废弃寺庙，希望佛祖能够保佑妻子早日康复。
然而，尽管唐太宗想方设法想要从死神手里将爱妻的生命夺回来，却天不遂人愿，这一年，长孙皇后抛下了少年时代相伴至今的丈夫，抛下了刚刚弱冠的太子李承乾与魏王李泰，抛下了出降不久的爱女长乐公主以及更为年幼的四个儿女，崩于长安太极宫立政殿，年仅三十六岁！
长孙皇后盛年而逝，留给丈夫、儿女的是无尽深重的哀痛。唐太宗面对妻子的离世悲恸万分，诸位皇子公主也悲伤异常，尤其是晋王李治，哀慕感动了周围的人。
唐太宗亦十分心疼，于是做出了令世人瞩目的举动：亲自抚养了长孙皇后的一双儿女晋王李治与晋阳公主，成为了第一位亲自抚养皇子的皇帝，也是唯一一位亲自抚养公主的皇帝！