封七百户。
后来秦琼经常生病，每逢病时就对人说：“我戎马一生，历经大小战斗二百余阵，屡受重伤，前前后后流的血能都有几斛多，怎么会不生病呢！”
秦琼病死，被追赠为徐州都督，陪葬昭陵。李世民特意下令在秦琼墓前造石人马，用以彰显秦琼的战功。
贞观十三年，秦琼改封为胡国公。十七年，李世民命阎立本画秦琼等二十四名功臣的画像挂入凌烟阁，以供自己怀念，后人景仰。
在战神李玄霸的心目中，他认为秦琼有勇有谋，言道：“此人勇悍，加有志节，必当自取富贵，岂得以卑贱处之？”
“司徒赵国公无忌、……故辅国大将军扬州都督褒忠壮公志元、……故徐州都督胡壮公秦叔宝等！”
“或材推栋梁，谋猷经远，纲纪帷帐，经纶霸图；或学综经籍，德范光炜，隐犯同致，忠谠日闻。”
“或竭力义旗，委质藩邸，一心表节，百战标奇；或受庙堂，辟土方面，重氛载朗，王略遐宣。并契阔屯夷。”
“劬劳师旅，赞景业於草昧，翼淳化於隆平。”
“敬德夺槊陷阵，鼓勇王师，却赂报恩，竭忠霸主。然而奋拳负气，非自全之道；文皇告诫之言，可为功臣药石。”
“叔宝善用马槊，拔贼垒则以寡敌众，可谓勇矣。知节志平国难，拜隼篽则致命辅君，可谓忠矣。”
“而并晓世充之猜贰，识唐代之霸图，可谓见几君子矣。志玄中镝不言，竟安师旅。公谨投龟定议，志助储君。皆所谓猛将谋臣，知机识变。有唐之盛，斯实赖焉。”
“太宗经纶，实赖虎臣。胡、鄂诸将，奋不顾身。图形凌烟，配食严禋。光诸简册，为报君亲，秦武卫勇力绝人。”
“尉迟、秦、程刚毅木讷，气镇三军，力崩大敌，匹马孤剑，为王前驱，此则吴汉之朴忠，贾复之雄勇也。”
“洛之役，龙战未决，我师与王世充阵於九曲。秦公应变，临阵电拔。锐气尽来，我盈彼竭。成败反掌，存亡奄忽。虎来风壮，鳌转山没。遂作心膂，爰从讨伐。崩围陷阵，火迸冰裂。翕如鹗耸，纵若鲸突。功成国定，万古壮骨！”
“颍考叔蝥弧先登，秦琼跃马挺枪，刺骁将于万人中，勇在力也！”李玄霸言道。
秦琼每次随李世民征伐，敌阵中常有炫耀自己兵强马壮的武将，李世民就让秦琼前去，单枪匹马常将敌将斩杀于万众之中。
唐朝开国年间，泾河龙王为了和一个算卜先生打赌，结果犯了天条，罪该问斩。玉帝任命魏征为监斩官。泾河龙王为求活命，向唐太宗求情。
太宗答应了，到了斩龙的那个时辰，便宣召魏征与之对弈。没想到魏征下着下着，打了一个盹儿，就魂灵升天，将龙王斩了。龙王抱怨太宗言而无信，日夜在宫外呼号讨命。
太宗告知群臣，大将秦叔