因此相互对着流泪，并且说：“皇太子仁爱孝顺，陛下将我们托付给太子，必然能获得保全。”高祖也为此很伤心。从此高祖打消了改立太子的念头，对世民逐渐疏远，而对李建成、李元吉却日益亲密了。
太子中允王圭、太子洗马魏徵劝说太子道：“秦王功盖天下，内外归心；而殿下不过是因为年长才被立为太子，没有大功可以镇服天下。现在刘黑闼的兵力分散逃亡之后，剩下不足一万人，又缺乏粮食物资，如果用大军进逼，势如摧枯拉朽，殿下应当亲自去攻打以获得功劳名望，趁机结交山东的豪杰，也许就可以保住自己的地位了。”
太子于是向高祖请求带兵出征，高祖答应了。武德五年十一月初七甲申日，高祖下诏命太子李建成带兵讨伐刘黑闼，陕东道大行台及山东道行军元帅、黄河以南、以北各州均受建成处置，他有权随机行事。
齐王李元吉劝说太子李建成趁早除去秦王世民，他说：“我自当替哥哥亲手将他杀掉！”李世民随从高祖前往元吉的府第，元吉命令护军宇文宝埋伏在寝室里，准备刺杀世民。李建成生性颇为仁爱宽厚，连忙制止了他。李元吉恼怒地说：“我这是为哥哥着想，对我自己有什么好处！”
李建成擅自召募长安及各地的骁勇之士两千多人，充当东宫卫士，让他们分别在东宫左右长林门驻扎下来，号称长林兵。
太子李建成还暗中让右虞候率可达志，从燕王李艺那里调集来幽州骁勇精锐的骑兵三百人，将他们安置在东宫东面的各个坊市中，准备用他们来补充在东宫担任警卫的低级军官，结果被人告发。高祖召见建成，把他责备了一番，将可达志流放到巂州。
庆州都督杨文干曾经在东宫担任警卫，建成亲近并厚待他，私下里让他募集勇士，送往长安。高祖准备前往仁智宫，命令建成留守京城，李世民与李元吉一起随行。
太子李建成让李元吉乘机图谋李世民，他说：“关系到我们安危的大计，就决定在今年了！”李建成又指使郎将尔朱焕和校尉桥公山将盔甲赠给杨文干。两人来到豳州的时候，上报发生变故，告发太子指使杨文干起兵，让他与自己内外呼应。
还有一位宁州人杜凤举也前往仁智宫讲了这一情形，高祖大怒，借口有别的事情，以亲笔诏书传召建成，让他前往仁智宫。李建成心中害怕，不敢前去。太子舍人徐师谟劝他占据京城，发兵起事；詹事主簿赵弘智劝他免去太子的车驾章服，屏除随从人员，到高祖那里去承认罪责。
武德七年，太子李建成决定前往仁智宫。还没有走完六十里的路程，李建成便将所属官员，全部留在北魏毛鸿宾遗留下来的堡栅中，带领十多个人骑马前去进见高祖，向父皇伏地叩头，承认罪责，身体猛然用力，自己摔了出去，几乎晕死过去。高祖的怒气仍然没有消除。
当天夜里，高祖将他囚禁在帐篷里，给他麦饭充饥，让殿中监陈福看守着他，派遣司农卿宇文颖速去传召杨