召魏徵，问道：“你为什么挑拨我们兄弟的关系呢？”大家都为魏徵担惊受怕，魏徵却举止如常地回答道：“如果已故的太子早些听从我的进言，肯定不会有今天的祸事。”
李世民素来器重他的才能，便改变了原来的态度，对他以礼相待，引荐他担任詹事主薄。李世民还将王圭和韦挺从巂州召回，两人和魏徵一起都担任了谏议大夫。任命政变功臣屈突通为陕东道行台左仆射，镇守洛阳。
秦王府护军秦琼为左武卫大将军，又以程知节为右武卫大将军，尉迟恭为右武候大将军，以高士廉为侍卫，房玄龄为中书令，萧瑀为左仆射，长孙无忌为吏部尚书，杜如晦为兵部尚书至此，李世民集团成员和支持李世民的官员控制了国家的要害部门和职位，完全掌握了全国军政大权。
太子李建成和齐王李元吉的余党流散逃亡到民间，虽然朝廷连续颁布赦免令，他们仍然感到内心不安，图谋侥幸获利的人争相告发捕捉他们，以此邀功请赏。
谏议大夫王圭将这种情况告诉了太子世民，李世民颁布太子令：“六月四日玄武门之变以前与东宫和齐王府有牵连的人、六月十七日以前与李瑗谋反有牵连的人，一概不允许相互告发，对违反规定的人以诬告罪论处。”
武德九年。朝廷派遣谏议大夫魏徵安抚崤山以东地区，允许他见机行事，魏徵来到磁州的时候，遇到州县枷送前任太子千牛李志安、齐王护军李思行前往京城。魏徵说：“我奉命出使的时候，对原来的东宫与齐王府的属官已经一概赦免，不予追究。现在又押送李思行等人，那么谁会不对赦令产生怀疑呢！”
“虽然朝廷为此派遣了特使，又有谁会相信他呢！我不能够因顾虑自身遭受嫌疑，便不为国家考虑。何况我既然被视为国中才能出众的人士而受到礼遇，怎敢不以国中才能出众人士的本色来报答太子呢！”于是，他将李志安等人一律释放。太子李世民得知此事后甚为高兴。
李世民即位后，下令将宫廷画师阎立本所画的辅佐他平定天下，安邦治国的二十四位功臣的画像悬挂于宫中凌烟阁之上，称这二十四位功臣为“凌烟阁二十四功臣”，其中大部分功臣都参与了“玄武门之变”的谋划，在政变前就属于世民一党或支持世民一党，也有如魏徵这样原太子建成一党、后来为太宗所用的能臣！
武德九年，高祖将亲笔诏书赐给裴寂等人说：“朕应当加上太上皇的尊号。”表达了自己要退位和内禅的想法！
撤销了太子李世民兼任的天策上将府邸，为李世民登基做准备，高祖颁布制书，将皇帝位传给太子李世民，自为太上皇，仍居于大内皇宫正殿——太极殿。李世民坚决推辞，高祖不许。
高祖颁布传位制书的第二天，太子李世民在东宫显德殿即皇帝位，是为唐太宗，并大赦天下，从此开始了他辉煌的皇帝生涯，即位第二年正月初一乙酉日改元贞观。太宗在位期间文治昭昭，武功赫赫！
太宗封庶出