然的恐怖与众神的愤怒在这里集结，飞越浓重的黑暗，在纵横飞啸的电光中，穿过闪电的回廊，突破生与死的界限，命运之门再次敞开在少年的面前……
龙卷风的中心，正是传说中的飞岛“天空之城拉普达”！
这儿是寂静的天堂，只有机器人值守的空中都市，植物和远古生物的家园。
穆斯卡抓住了海盗们，也来到了拉普达，他迫使希达和他一起进入中央控制室，启动黑石碑上的文字，即将开始他称霸世界的野心。希达抢回飞行石，为了阻止穆斯卡，她和巴鲁一起念起毁灭一切的咒语：巴鲁斯。拉普达解体，邪恶和助纣为虐的武器系统一同化为大气层的火球坠入海中，而使拉普达漂在空中的巨大飞行石结晶载着拉普达的生命之树，上升到天空的尽头。