夜圣殿进入网络中，那么林慕媛就可以自己独自一人战斗了，之后魔女午夜圣殿消失，也是圣杯午夜把魔女午夜圣殿临时禁锢在了网络的某处，之后等林慕媛做好了准备，才把魔女午夜圣殿放出来。
（五）：结局：
最终魔女午夜圣殿的终于拥有了些许理智（其实也是因为最终魔女午夜圣殿最初的复活就是因为遗失圣殿的发疯的古代灵魂们的集合体，随着时间的流逝，这些灵魂彻底变成了最终魔女午夜圣殿的魔力量，而这个魔力量被辛依已经其他的魔法少女吸收了不少），发觉自己即将死亡，临死反扑企图同归于尽。
只可惜她依旧被打败了。
辛依终于彻底掌握了魔女化，林慕媛也找到了所有的魔法少女们的出路，就是让所有的魔法少女都彻底的掌握魔女化。而林慕媛利用现代科技，利用在网络游戏中想象出来的纳米细胞，来容纳魔女的力量，进一步准备打造出来全面魔法少女的时代。
最终魔女午夜圣殿终于被吸干了，魔女魔力全都分散到了每一个魔法少女的身上，但是最终却意外的暴露出来了最终魔女午夜圣殿的真身，原来她也是个少女，最终彻底找回了自己的理智。
圣杯午夜的最初愿望过了1000多年，居然就这么的被成功的实现了。
找回了自己的理智的最终魔女决定进入圣杯里面，和午夜永远都在一起了。
当然，找回了理智不代表找回了感情，圣杯午夜和最终魔女理智上知道他们会永远都在一起，但是他们完全没有感情，就是绝对的理智。
林慕媛以丘比的身份公布了魔法少女的存在，让全世界接受了魔法少女和魔女的存在。
随后开始正式发售纳米细胞，魔法少女科技开始飞速发展。
2250年，因为魔法少女的存在而时间科技飞速发展，人类已经占领了整个太阳系，魔法少女战斗体系已经发展出来了魔法少女，魔法少年，魔法老爸，魔法老妈，魔法老头，魔法老太，魔法猛男，魔法淑女等等。
2150年全新研究出来的魔法少女的新核心，一直沿用并且发展到了2250年，纳米细胞也大大的增加了人类的寿命，原本的魔法少女等级也随着魔法少女的科技增加而变得和过去不一样了。
总之，接下来魔法少女们开始了无尽的宇宙战争。