水军合编是紧随着漕运兵合编之后。登莱是袁可立的主管之地，登莱地区的水军合编自然是在袁可立老资格的官员指导下进行，袁本身就反对吃空饷，主张精兵政策，自然会支持皇帝的整军行动。水军过得不太好，有许多人也希望整顿水军，象浙江游击，张名振就欢迎整军，且和袁可立样，反对吃空饷的现象。
水军整编中必须确立新军的风气和原则，有的地方可由附近新军直接接管，有的地方需要从京中禁军派出有资历的人接管，有的地方甚至还需要老资格的勋贵带队接管，好在勋贵中也有人愿意与军中多建立关系，支持新军的整编事项，自己的军权大小由皇帝定，而不是由自己建立。
漕运兵和水军之外，屯田军也是一个重要内容。借鉴辽东顿田经验，调赵率教到蓟州镇顿田，原先所带的一万关宁军也带到了蓟州镇。赵率教原先在辽东屯田有点成绩，辽东的人大多都逃亡，剩下的辽人开垦荒地，担心的只是后金来抢，而不担心原主人来争，即有地，也有好地，在军队的保护下大胆耕种。辽东剩下的辽人也是无法逃走，或不想逃走的人，这些人耕种积极性很高，顿田也易出成果。
蓟州镇情况就不同了，蓟州好一点的军户田也被地方毫强占完了，差田不良之田又大都荒废。赵率教到了蓟州，只剩下组织顿田的组织方法还有用，其它的都是情况不同。赵率教到了蓟州后，李信和田见秀也被皇帝派到了蓟州帮赵一起顿田，即帮助赵，也是向赵学习实际经验。
当时侍卫新军人员紧张，李信和田内见秀都只带一个临时抽调新编的精简连为卫兵，那连卫兵大多都是新近从禁军中编入的，原先种子士兵，即在信王府就参加训练的人只有极少部分，但两个精简连都掌握了新军的训练方法，接受了新军的观念，以后李田两人只需要增加夜不收，卫生兵、辅兵和其他技术士兵。
赵率教还是军队出生的直性子，虽然没有满桂那么直，会转点弯，但也诚府不算深，较好相处，李信、田见秀与赵相处得还可以，赵有李、田一起想办法，屯田也轻松多了。蓟州顿田的主要问题是原田地的主人来相争，有的甚至是荒地，你开垦后，就有人来争，拿出手续说是他的地。李、田，虽然与赵一起想办法克服困难，但也了解到顿田的艰难。就那样，李信和田见秀与赵率教一起渡过了三个月的顿田岁月。
李信和田见秀发现赵率教顿田用了太多的精力，连军训都有所忽视，其它事务，包括军事事务赵很少顾问。李信和田见秀则按原先的习惯，军事训练从不拉下。李、田在蓟州两个月的建设后，不但夜不收招齐了，饮食班，医生，辅兵也招了许多，来时只是一百多一点的精简连，此时已是二百过头的加强连了，且都训练都较好。
蓟州的情已清楚，经验也了解了，就没有必要再在蓟州磨时间表了，朱弘调李信到大同，田见秀到昌平。赵率教因与李田二人相处还好，也事实上帮助其顿田相了许多方法，赵也直率的为李田二人报功，朱弘也自然的报兵部帮李田