进入崇祯二年之后，屯田和军港都发展势头良好，为了适新形式，许多新军的主官都升了一级。麻子港的谭国杰升为副千户，麻子港附近的麻子墩并入麻子港，成为麻子港的岸防军的力量，没有训练的军丁加强训练，原先有屯田经验的人也冲分利用，原先的军官原职任用，最基层的军官一般都是没有什么关系的人，是较好说事的人，是一批服从管理或服从指挥的人。
李园正也升了一级，为的是便于全面接管登莱的卫所。李园升了一级，职务级别都比各卫的主官高，为全面接管登莱各卫打下基础。训练几年后，登莱各卫所都可能出现较强的军队。
大明当时许多人除了自己的身体外，什么都没有，新军体系需要的劳动力，正是当时众人只拥有的资本，或是愿意支付的代价。
新军即使是偶有剿匪之类的战争，其战损也不高，众人不怕，当时人命十分贱，许多人都愿意用自己的生命换家人生活下去的机会，而当时新军的政策是对战死的士兵家人进行抚恤，何况当时新军体系的管理还可以，劳动也是能承受的范围内。
中国的国人，其实只要拥有了自己的国人地位，就愿意为国家付出，明末的事实就是只确保士族的地位，普通人与国家毫无关系，国人没有国人的待遇。现在特区和新军管理区域对此局面有所改善。
与明初不同的是崇祯时期的明末增加了沿江沿海区域的屯田，其中福建、广东、山东、浙江、江苏等沿海就成为了重点区域，对重点区域，甚至全面铺开，全力进行屯田。
内地以陆路军为主，内地屯田，除陆路新军连外，整个新军体系也有部分力量进入南方军屯区域。原水军的四连中，有二个连是岸防边，后来又训练了许多陆路连和岸防连，后来的陆路连与岸防连也有部分进入军屯区，如懂异山在福建，就为掌握岸防的同时也掌握军屯区。到崇祯二年，新军进入了全国许多的军屯区。
新军以老兵为基础，以军事学堂的经过短训班学习的人员为骨干，迅速提高新军的训练和带兵能力，使新军即使军事训练不足也能在生活习惯上具有新气象。此崇祯也计划以新军为基础更替旧军。
军屯区的经验共享，李信、田见秀进行军屯的经验介绍到全军。军屯主要的是二个人事方面的问题，一是处理军屯区内地方毫强占田问题，就是那种“占窝”事件。另一是原先军屯区内的军官问题。有的人即是军官，又是占田的地方豪强。
对地方豪强，个别特别恶劣者，必须打击，杀一儆百，对大部分人，暂时不触动其利益，先集中力量耕种剩余的田地和开垦荒地。对于原军官，不欺侮军户的人，愿留者都留保持原职，对占田或顽固维护原先即得利益者，则劝退，对于想方破坏者，则进行打击。
北方的军屯区的军户逃亡严重的情况已有记载，因为北方九边军屯区与战事相关。南方的军屯区，虽然没有逃亡严重的记载，但事实上也是逃亡太多，因为南方的人逃亡后也能