海军陆战队一营巧夺夏门岛成功，打响了陆战队的名号。李松说，象这样的奇袭是我们特种兵干的事，怎样么让陆战一营干了，我们也要组织一支特种部队到南方去。崇祯同意了组建特种兵南方分队，并派陈王庭南下带队，但不同意宣杨特种兵，秘密部队保持秘密才能起到特殊的作用，特种兵和蛙人部都不许宣传。
其后，许多地方都在训练海军陆战队。原来舟山在训练一营之时就留下了训练军官和许多人员，浙江训练二营也就轻车熟路。福建是重点海防区域，就成立了第三营，台湾也是一个重要之地，成立了第四营，广东成立第五营，山东成立了第六营，南直隶（江苏）成立第七营，第一营随杨普舰队行动。
台湾北港溪是原先十八芝的移民基地，现归新军管理。原新军的移民基地，以大肚溪两岸为主（台中和彰化之间的区域）。台南有荷兰人的两个城，没有人去动。北方鸡笼虽然有少量西班牙人，但在高山族人围困下，没有什么做为，暂时只需要监视就行，倒是台南的荷兰人需要防范。
台湾当时又叫小琉球、东番或大员，现在台北和台中都有移民，也时刻在西方人的威胁中发展，所以民兵或防卫军的训练就具有相当重要的意义，现在又训练陆战第四营，四营的骨干一半是来自福建，尽量少抽台湾当地的防卫军的骨干，其它省的陆战营都是从本省的新军中抽调精锐而成。
当时的陆军训练，以研究部门最新研究的训练内容为主。一般陆军的训练技术，先经特种兵练习，海军陆战队主要掌握特种兵中能普及的对战技术。特种兵中则有些特异能力的人和力量，适合完成特殊任，海军陆路战队则是一般的强军，适合攻坚硬拚任务。当然，特种兵的普通兵员，也不比海军陆战差，也是可能用于硬拚的强军，只是不允许其拚消耗。
其他陆军则是特种兵或海军陆战队的军事技术简化版，也具有向强军发展之势的众多军队。当时后金军队的训练是新军训练的参照物，新军就是要先达到后金军队的水平。新军不训练骑射，但训练怎样克制骑射，特别是北方的新军。
军队的给养是军队的重要点，粮食生产是一切工作的重中之重。
科学院，虽然掌握了红薯、土豆、玉米等作物的生产，但要向其它地方推广和引种却不是易事。免赋税并不足以推广新的品种，种子和种植技术才是关键。当时朝庭穷得军备荒废，不可能有能力免费提供太多的种子，更没有能力监督农民会不会把种子当粮食吃了，只能在交通要道或人流多的地方，种植这些耐旱能力强或对水要求不那么高的品种，让人看到真实的实物和可吃的东西，才有可能推广。另外，再要求科学院办些短训班，传授或推广技术。
生产，特别是农业生产，不是从理论上行得通就能实施，而是需要农民掌握在当时历史条件下的技术。农民掌握技术需要一个过程，气候条件变化下的技术更复杂且更难以掌握。比方说，北方种植高粱有很多年的经验，高梁也对水的要求