，朝庭要考虑东江镇人员的吃饭问题。
后世在江西闹革命时，红米饭南爪加野菜是艰苦岁月，处于较北的辽东地区，南爪野菜也难寻，大部分辽东人过得象江西的革命者样很艰苦。
现东江镇转移到三江平原，自己屯田自己养活自己，由朝庭支援迁徙中的粮食和开始生产时期的口粮。
东江镇一直以前太穷太苦，没有资源进行训练，每次战役都是人命换来的，且只有打游击战的实力。现在江东镇江也必须进行必要的训练，争取能有效的打游击战。
我们要用半年或一年的时间来准备游击战，在这半年到一年的时间里，东江镇江要完成转移，其它地方的明军也要掌握游击战的战法。
崇祯提议在参谋部成立游击战法研讨处，留毛文龙在京一段时间，参与游击战的研讨。
收到朝鲜局势已掌握的消息后，崇祯再次招见毛文龙，谈了对东江镇军力的发展方向和策略，毛文龙也同意的皇帝的方略。
崇祯认为，面对精锐的女真铁骑，明军一时还很难正面对抗，但对精锐铁骑以外的军队也许可以一战。
东江镇的游击军对女真普通族民、或对非精锐女真军力有许多经验，可以利用起来。因为东江镇也有不与女真人发生战争的实例，毛文龙麾下就是许多女真人。
东江镇也有少量能战的人员，如守旅顺的将领、许多任旅顺守将都守住了旅顺城。还有的是孔有德等人也不错，孔有德等人有缺点，但并不是天生就想反叛，现在毛文龙还在，孔有德等人还是紧跟毛文龙，对孔有德等人也要利用其反后金的一面，抑制其不良的一面。
东江镇的人大都出身于农民，有耕种能力和耕种经验。
要求毛文龙进入北方后，执行皇帝的政策，最大限制度的孤立建州女真，而不允许树立其他人为敌人。在北方的部落和众人只要不掠攻自己，就不能攻击别人，特别是三江平原附近的土著不能攻击或抢劫。
对东江镇，崇祯最担心是军纪，长期艰苦中的东江镇军丁，为了生存，可能用尽一切办法，也有可能有少量人用过不正当不道义的方法，也从来没有听说过东江镇曾进行过纪律约束之类的事。进入多民族地区，政策和军纪最重要，政策不好，或军纪太差可能会激起当地人反抗。
毛文龙与文官不对服，但在北京时与众武将很谈得来，对总后勤部和总装备部的人也尽力交结，对宣导部的军纪和宣讲也不反对。毛文龙表示，一定想办法控制军纪，掌握军官，支持新军系统对东江镇的训练和宣导。
向三江平原行军过程中，由新军提供部分粮食，东江镇向朝鲜驻军提供一万多兵员，以减少远程行军的人数。向朝鲜军提供的人员由朝鲜驻军选择。
东江镇直接由总参谋部或皇帝管理，纳入武将系统。武将和士兵由宣导部实行宣导制、监督制，并接受新军的训练，军队也实行参谋制，