针对西北有宗教家族的问题和整个西北局势，崇祯朝庭对西北进行了调整。
以宁夏三卫为基础，连同朔方省以西，阴山以南的地区，成立宁夏省，以李信所带的朔方军兼管宁夏省的事务。
将原陕西的临兆府，巩昌府，平凉府的大部分地区和陕西行都司合并成立甘肃省，孙传庭带兵进入建立军政府，孙传庭的兵力同时退出榆林延安等地，专门处理甘肃省的事务。
原先在宁夏卫的曹文诏，带兵进入西宁，配备文官，准备成立青海省军政府，平定朵甘都司的东部，与西康省北部接壤，建立大明朝下的秩序。
洪承畴调到陕西接管理军政，准备肃清陕西地区的土匪，建立陕西地区的太平。洪承畴在总后勤部做了近六年，总后勤部的一切事务也走上的正规，总后体系内的各级人员也能自行其事，一个人一在个位置久了也需要变动一下，所以洪承畴调任陕西。
原先一些了解西北情况的小分队或工作人员调归宁夏省，清理宗教家族以宁夏省为主，以甘肃，青海，陕西的大军为辅，争取切底平定西北的宗教贵族家族。
平定宗教贵族有很大的难度，最主要问题是宗教家族的区域内所有的宗教成员都只听宗教贵族的，一时谁也分不清谁是自愿，谁是被胁迫，即使是自愿的也有许多人被麻醉得失去了本心。宗教家族实质上是以宗教的名义，行黑帮黑会的实质，达到胁迫所辖的所有人员成为贵族的奴隶之目的，以建立其家族的永久统治。
对一些武装抢劫的宗教力量自然是优先围剿，将宗教贵族消灭，将普通匪徒迁走。对一些只是在本地生活的家族宗教，也必须处理，不能留到以后。
研究部门还是没有较妥善的办法，处理家族宗教，最后还是动用了武力。好在大部分家族宗教的成员不多，都是几千人的团体，加上老幼也难上万，上万人者只有个别。
朝庭大军先包围宗教团体敬其区域，然后抓捕色目人宗教贵族，普通宗教成员抓捕后，分散迁往各地，有严重宗教倾向者到封闭的矿山劳动。
其后的事实，许多宗教受害者都中毒较深，有人终身都没有悔过，只有后代才排除了宗教影响。
当在在西北虽然清理了色目人的家族宗教，但对回族的习惯和平常生活则给以尊重，只要不是用家族宗教的方法长期垄断一个地方势力，就放任其存在。
家族宗教区域清理或迁移了人口到各地以后，也有的地方还能进行农业生产，于是，一些陕北的难民又迁来了，有现成耕地还是要利用。
崇祯朝庭决定向燕北省朔方省移民是对后金的形势做出判断后的结果，认为后金再次攻打二省区域的可能性不大。
原先晋商时期，晋商即向蒙古各部落运送粮食，也向后金运送粮食。打击取缔晋商后，大明以供应大明区域的粮食为主，适当的供应蒙古区域的粮食，严格限制粮食进入后金。