黑袍女修的故事从圣魂教的最初创立讲起。
原来圣魂教的创始人并不是赫连宙，而是赫连宙和凌玉的师父。但二人的师父在创教不久就被当时的萨满大帝国捉住杀了。
其后赫连宙和凌玉共同地栉风沐雨、披荆斩棘数十年，才有了圣魂教一步步地发展壮大。
在这期间，凌玉与赫连宙结成了夫妻，又有了一个儿子。
他们的这个儿子渐渐长大，也渐渐地成了高手，为圣魂教的发展壮大出了不少力，成为教众公认的少教主，教主大位的继承人。
但赫连宙还有一个小老婆，小老婆也有一个儿子，小老婆的这个儿子身手也不弱。
这个小老婆要比凌玉漂亮，赫连宙受不了她的蛊惑，突有一日，竟提出要立这个小老婆的儿子为教主传人。
凌玉和她的儿子当然激烈反对，迫于凌玉在教内的影响力，赫连宙不敢造次，只得将事情放过不提。
但只是表面放过不提。
其后不久，凌玉外出办事，突遭萨满教众多高手袭击，身受重伤，孤身一人被困于一个山谷达一年之久。她当时就有些怀疑是赫连宙做了手脚。
待她养好伤后逃回，圣魂教中情形已是大变，她在圣魂教高层的几个亲信几乎全都在与萨满帝国的作战中或死或残，以至她这一系的实力大减。
更主要的是，她的儿子也不见了！
凌玉几乎急疯了、气疯了，在圣魂教内到处抓人查询，但当然是什么也查不出来。
凌玉还抱着万一的希望，想着“虎毒不食子”，觉得赫连宙即使要让小儿子接位，也不至于杀了大儿子，多半是将他秘密的囚于某处，于是就锲而不舍地四处查寻，但终是一无所获。
其后又不久，圣魂教与天魅帝国公然闹翻，圣魂教袭击天魅帝国皇宫。
那次袭击其实可以说是两败俱伤。
在那场激烈的冲突中，不仅身为天魅帝国皇帝的殷典下落不明，赫连宙自己也被“黑头”吸了灵魂，只剩下一个“紫睛黑骷髅”分身。
接下来，赫连宙的小儿子接任教主，登基做了天显帝国的皇帝。
鉴于凌玉是圣魂教的创教元老、赫连宙的元配，在圣魂教上上下下颇具威望，赫连宙的那个小儿子不得已做足了表面文章，在尊称赫连宙为太上圣皇的同时，又尊凌玉为太上圣后、圣魂教太上长老。
对这一切，凌玉只当事不关已，只是不死心地寻找自己的儿子。
为此，她住进了玄阴城内的黑井堡，再不问其他的事，开始专心研究赫连宙留下的“分身”灵魂，想从中发现线索。
鉴于她的身份，在赫连宙死后圣魂教的夺位大战她又一直是置身事外，因此她要做什么，也没有人敢来干涉。
怎奈她并没有“黑头”这样的吸魂能力，赫连宙的分身