共和国；
银河国议长决定组建军队，以对抗这些分离者，却遭到一名女议员的抗议；
女议员因此遭遇刺杀，由老牌绝地武士“欧比旺”，派出徒弟贴身保护；
欧比旺追查刺客下落，去到海洋星球“卡米诺”，竟意外发现这里竟在暗中组建克隆人大军；
不久后，这对师徒与众多绝地武士，被卷入了分离主义运动的心脏吉奥诺西斯，战争爆发。在百万机器人军团的围攻之下，二百多人的绝地特遣队损失惨重，所幸尤达大师率领二十万克隆人大军抵达，这才得以反败为胜。
尽管整个事件虽然都是议长与杜库伯爵策划的阴谋，但那已经是续集的故事，不属于《前传2》要交代的内容。
而眼下楚枫等人面临的问题，在于一年前就已有轮回者介入，彻底打乱了剧情……